由于获得牌照后第三方支付企业的快速发展，银行和第三方支付企业的合作关系也发生了“微妙”的变化。
　　5月10日，拉卡拉董事长孙陶然在接受媒体采访时表示：“我们和银行的合作这一年是越来越密切，越来越紧密，规模越来越大。”
　　不过银行似乎不这么看。拉卡拉董事长话音未落，5月13日，就有消息称，拉卡拉或遭工行“封杀”。当日就有客户陆续反应，在便利店的拉卡拉终端上，工行借记卡跨行信用卡还款操作失败。除了拉卡拉之外，也有消息称，从事手机支付的钱袋宝在工行借记卡还款上，也出现了同样的问题。

　　拉卡拉称系统升级原因

　　拉卡拉5月14日在其微博上表示：“昨天客服小妹就接到3万多个电话，今天的电话就更多了。手已严重抽筋，全是工行借记卡还款失败问题。”此后拉卡拉表示，已向银联反映这一情况。据悉，在信用卡还款业务转出卡中，工行占比约30%，由此影响的用户每天约15万人次。
　　这是银行和第三方支付企业出现的公开“裂痕”，并且一直持续到5月18日。对此，当事方除了拉卡拉有回应外，银联和工行一直都保持沉默。其他多家银行和第三方支付企业的人士也讳言此事。
　　5月21日，孙陶然在接受《每日经济新闻》记者采访时表示：“不存在"封杀"这种说法。跨行还款业务流程复杂，涉及面广。前几天由于系统升级原因导致部分工行卡不能正常使用，问题出现后我们多方努力已经解决了问题。”
　　此前有媒体报道称，此次事件是工行总行鉴于拉卡拉违规而切断其支付通道。消息称，信用卡还款，拉卡拉的做法是将合作公司伪装成一家pos机商户。客户还款都是假装做一笔消费支付，但并没有获取任何实体商品。随后拉卡拉再根据金额，代客户把钱支付给信用卡发卡行来还款。实际上走的还是银联系统，银行之间资金来往收费该多少还是多少，银行并没有收益。
　　对于这种说法，孙陶然予以否认，并反驳道：“这是一个完全不懂金融的人写出来的，业内人士一看就是不实消息。我们的还款是通过银行卡转账，而不是什么伪装交易。手续费分成是按照央行规定的7：2：1，发卡行占7，我们占2，银联占1。”
　　此外，至于还有人认为，大行的借记卡里的钱归还了一些小银行信用卡的钱，会造成大行存款流失加重的问题。一位大行人士表示：“这个倒不存在，还账单是已经消费掉的钱，不存在存款流失的问题。再说不通过拉卡拉，把现金提出来再去还也是一样的。”

　　银行的危机感

　　5月21日，工行的95588客服人员则告诉《每日经济新闻》记者：“现在能不能用拉卡拉还款了还不清楚，建议到银行的网点或自助设备上去操作，因为我们和拉卡拉没有合作协议，什么原因我们也不清楚。”
　　巧合的是，5月18日，工行官方网站公布了新的 《中国工商银行借记卡章程》。这个6月18日起正式施行《章程》比现行的《中国工商银行牡丹灵通卡章程》多了这样的话：“持卡人可根据本人交易习惯，申请关闭或开通借记卡在自助设备和特约商户等渠道的消费、取现或转账等交易功能，并可在规定的范围内设置各渠道的交易限额。”
　　银行对第三方支付企业的不满在这之前已经出现。今年两会期间，某国有大行的政协委员言辞犀利地指出，“第三方支付企业存在管理混乱、违规经营、恶性拼抢市场、冲击正常支付秩序、风险事件频发等诸多问题，”因此他建议提高第三方支付企业的准入门槛，加强监管。
　　对于这样的声音，孙陶然表示：“这个很正常。每个人对任何一个行业都会有不同的看法，有这种看法的人是否足够了解情况？是否站的高度足够？是站在整个行业地角度看，还是站在本公司、本单位地角度看？”。
　　在孙陶然看来，第三方支付公司和银行之间主要是合作，基本上不会竞争。第三方支付企业做得越好，规模越大，也意味着银行的收益越来越高，因为用户用的是某家银行的卡，一定会增加某家银行的资金沉淀或流动。
　　不过一位某国有大行的人士表示：“第三方支付快速发展，银行没有压力是假的，就信用卡还款来看，小银行促销力度大、发卡多，但是网点少，他们从第三方支付快速发展中得到的收益肯定更好。”