不仅是三峡库区鱼类生态平衡遭受破坏，放眼整个长江流域，水生生物多样性也正面临严峻挑战。曾几何时，长江淡水生态系统在我国乃至世界都具有十分重要的地位和作用，水生生物多样性具有巨大的经济、社会、生态和科学价值，长江经济水产品一直是我国淡水渔业的支柱，渔业产量占全国的60%以上。但是，随着长江经济带的迅猛发展，不可避免导致了长江水生生物资源衰退、物种濒危或消亡。

　　鱼类捕捞量逐年下降

　　据不完全统计，长江中有鱼类17目52科178属370种，其中，特有鱼类42种，重要经济鱼类36种。其他动物有白鳍豚、扬子鳄和大鲵等。在长江珍稀水生动物中，除鲥鱼近年来未捕获外，被列为国家一级或二级野生保护动物的中华鲟、白鲟、达氏鲟、白鳍豚、扬子鳄、江豚、胭脂鱼、淞江鲈等均能生存繁衍，但种群数量呈逐年下降的趋势。
　　受水域污染、过度捕捞和水利工程建设等因素的影响，长江濒危物种增多，有20多种鱼类被列入中国濒危动物红皮书；主要经济鱼类趋于低龄化和小型化；鱼类种群数量减少，一些重要经济鱼类已经不能形成实际产量。
　　捕捞产量的下降是长江渔业严重衰退的一个直观反映。统计表明，上世纪70年代，长江每年鱼类的捕捞量为20余万吨，而最近几年的捕捞量下降到10万吨左右，不足最高年份的1/4。捕捞机械化程度和技术的提高，使得捕捞能力极大增强，而捕捞量反而下降，故长江鱼类捕捞量的下降是反映长江渔业资源下降的最直接指标。长江主要经济水生物动物补充量急剧下降。长江“四大家鱼”(青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼)，中华绒毛蟹和日本鳗等长江主导水生经济动物，苗种发生量急剧下降，已不能形成鱼汛。“四大家鱼”鱼苗曾经是水产养殖的惟一苗种来源，由1950年至1960年的300多亿尾降为目前的不足10亿尾，长江口的中华绒毛蟹和日本鳗已经不能形成明显的苗汛。

　　水生生物种群数量不断减少

　　同时，长江鱼类群结构显著变化，多样性丧失。据了解，长江“四大家鱼”在渔获物中的比例已从上世纪60年代中期的20%-30%下降到目前的5%左右。长江下游江段有70多种淡水经济鱼类，近20年来，除河口区凤鲚资源相对稳定外，鲈鱼、银鱼、鲻鱼及一些贝类生物都已大幅度减产，而中华绒毛蟹、刀鲚资源明显下降。长江下游渔获中，小型鱼、虾、蟹类占渔获物总量的50%左右，群落结构小型化明显。专家认为，鱼类物种多样性指数呈现出逐年减少的趋势，表明物种多样性正逐步丧失。
　　此外，分布在长江流域的水生生物，由于过度利用和环境不断恶化，其物种数量大幅度下降，许多原来数量比较大的物种已大幅度下降，有的物种已经处于濒危状态，特别是水生动物的受威胁程度高。位列“长江三鲜”之首的长江鲥鱼，上世纪60年代末至70年代末的10年间，年平均产量近50万公斤，年产量最高可达160万公斤，现在已基本绝迹。中华鲟、胭脂鱼等已从重要的经济鱼类沦为濒危物种。根据《中国濒危动物红皮书》统计，分布于长江水系的水生动物中，受威胁鱼类比例18.25%(69种)、两栖类47.59%(69种)、爬行类32.53%(54种)，在全国内陆水域受威胁比例最高。

　　过度开发、环境污染是祸根

　　专家认为，过度开发利用、水环境污染、栖息地退化或丧失等因素是影响长江流域水生生物特别是鱼类多样性的重要因素，这些因素或相牵连、或相互叠加，致使水生生物多样性严重丧失。
　　过去和当前正在进行的水电开发使得长江流域水域生态环境发生重大变化，鱼类原有的栖息地和产卵地丧失，鱼类洄游受阻。据了解，到2005年，长江流域已建设水库45000多座，已建和在建的水电站有2400多座。专家分析，水电开发的结果是水坝的上游由流水性的流动河流变成相对静止的水库，流水性鱼类的生境大幅度减少，产卵场被水库淹没，生物群落由流水生态型向静水生态型演变，大批在生活史中需要流水生态的水生生态失去了适宜的栖息环境。水坝和水库，阻止了需要洄游的鱼类成体和幼体的上下自由迁移。对于部分大型水利枢纽，在水坝的下游，由于水库的运行调度，改变了坝下水文季节节律，影响了坝下游鱼类的繁殖和生长，部分高坝泄水，导致气体过饱和现象，会对坝下数百公里河流中鱼类产生负面影响。
　　长江上游水电工程建设，将在一定程度上改变江湖的季节水位关系，一方面导致湖泊在鱼类生长期的水面减小，另一方面导致在长江繁殖的鱼苗无法进入湖泊生长繁育。按照已有水电建设规划实施水电开发，对长江上游水生生物将产生深远影响，流水性鱼类，特别是众多的长江上游的特有鱼类将面临灭绝的威胁。
　　此外，江湖阻隔和围垦导致鱼类栖息地大幅度丧失。据统计，近50年来长江全流域共减少水域面积12000平方公里，仅22个重要湖泊就减少湖容567亿立方米。20世纪50年代，江汉湖群尚有湖泊1006个，湖面8300平方公里，因围垦填湖现在已锐减到309个，湖面已不足2656平方公里，面积减少了68%。这极大减少了水生生物的栖息面积。同时导致洄游性鱼类的洄游通道丧失，鱼类等水生生物种类数明显下降。
　　日益严峻的环境污染威胁长江流域鱼类多样性。改革开放以来，长江沿岸的化工、农业、城镇得到快速发展，排污量随之增大，长江水系受到不同程度污染。长江流域水资源量约占全国的36%，目前流域、排污总量约占全国的34%，尽管长江干流和部分湖泊的水质状况良好，仍然适合水生生物的生长和繁衍，但是部分支流和多数湖泊，水质污染较严重，检测到的污染物有40多种，特别是一些持久性污染物和重金属超标，对长江鱼类造成了严重损失和持久性影响。