铁路运输法院姓“铁”的现象，应是中国司法领域的一个“污点”。建国初期，考虑到铁路是国家大动脉、运输跨区域性、社会治安形势复杂等因素，我们参照前苏联模式建立了铁路司法系统。1982年，又自上而下建立了三级铁路运输法院和铁路运输检察院。在政企不分的计划时代，这种烙有行政化色彩的司法体制还能发挥出正面的治理功能，随着市场经济体制的建立，深嵌于铁路体制内的司法则越来越呈现出“企业化”色彩，与现代司法格格不入。期盼已久的铁路司法转制提上日程，是“迟得不能再迟”的事情了。
    但是，更关键的是，如果缺乏一种改革的“大视野”和“大勇气”，畏于体制阻力和现实压力，转制也可能会滑入“换汤不换药”的形式主义窠臼。
    首先，铁路公检法转制应立足现行宪政体制下公检法三部门的应然关系，将其作为一个整体准确定位各自的目标地位，统一构建相互协调的管理体制和工作机制，以避免转制后公检法部门“继承”下“配合有余、监督不足”等积弊，实现整个司法体制的更新。
    其次，到目前为止，不止铁路司法机关，所有的专门法院、检察院都没有由全国人大常委会出台相应的组织法。由于法律授权的缺失，这些大量体制内的司法“独立王国”，极易成为现代司法正义大厦中的阴暗角落。铁路司法转制要从更高层面推动司法体制更新，就必须借助立法机关的补遗，以立法牵引改革的引擎。
    再次，铁路司法转入地方之后，会不会再度陷入司法地方化和司法行政化的泥沼？如果不能吸收多年来司法改革的经验教训，以合乎现代法治理念和国情需要的思维进行改革，那么也可能会变为简单的机构分离，对国家的司法改革并无大的借鉴意义。