WTO争端解决程序强调法治，并使多边贸易体制更安全和可预见。争端解决程序大致分为如下几个阶段：磋商、专家组做出结论、上诉、实施裁决。在所有阶段，各争端国都被鼓励进行磋商，以便庭外解决争端。在所有阶段，WTO总干事都可出面进行斡旋、调解或帮助达成和解。

　　磋商

　　最长可达60天。在采取任何行动之前，争端国家都必须进行磋商，以寻求自行解决彼此间分歧。若磋商失败，他们也可以要求WTO总干事进行调解，或以其他任何方式提供帮助。

　　专家组做出结论

　　如果磋商失败，起诉国可以要求任命专家组。在“被告席”上的国家可以阻挠专家组的成立，但只能一次。在争端解决机构召开第二次会议时，任命就不能再被阻挠了，除非各方协商一致反对任命专家组。
　　专家组人员的任命需在45天内完成，专家组需在6个月内做出结论。但由于专家组的报告只能在协商一致的情况下才能在争端解决机构中被否决，因此其结论是很难被推翻的。专家组的报告通常应在6个月内提交争端各方。在紧急案件中，包括那些与易腐商品有关的案例，期限缩短为3个月。

　　上诉

　　任何一方均可就专家组的裁决提出上诉。上诉必须根据法律点，如法律解释等，而不能重新审查现有证据或审查新的证据。每一起上诉都由7名成员组成的常设上诉机构中的3名成员审理。上诉可以确认、修改或推翻专家组的法律调查结果和结论。一般情况下，上诉不应超过60天，最长绝对不能超过90天。争端解决机构必须在30天内接受或否决上诉报告，而否决只能是协商一致才可以。

　　实施裁决

　　如果作为起诉目标的国家败诉，它必须遵守专家组报告中或上诉机构报告中的建议，须在报告通过后30天内举行的争端解决机构会议上表明这样做的意向。如果立即遵守建议证明是不切实际的，该成员将被给予一个“合理期限”来遵守建议。若在合理期限内未能遵守建议，它必须与起诉国(一个或多个)进行谈判，以议定双方都能接受的补偿，如在对起诉国有特殊利益的领域削减关税。若20天后未能议定满意的补偿，起诉方可要求争端解决机构允许其对另一方进行有限的贸易制裁。争端解决机构应在合理期限结束后30天内给予上述授权，除非各方协商一致反对该项请求。
　　原则上，制裁应对产生争端的部门进行。如果这样做不实际或无效，制裁可以针对同一协议管辖的不同部门进行。如果这样做仍无效或不实际，且情况足够严重，制裁可针对另一个协议管辖的领域进行。目标是要使制裁尽可能不扩大到无关的部门，同时保证制裁有效。