三金药业发行价格为19.8元，发行市盈率为33倍，这个价位正好处于三金药业保荐机构招商证券给出的价格的中位。招商证券此前给出的参考价格是17至21元的估值区间。
    据分析，按19.8元的发行价计算，三金药业总市值将达90亿元，与同仁堂的90亿元和东阿阿胶的96亿元市值相当，也高于多数优质医药股。在已上市的百余只医药股中，总市值排名位居第13位。并且，三金发行价对应2009年动态市盈率也超过26倍，和现有二级市场同板块的江中药业、三精制药、三九药业等估值水平基本相当。
    针对投资者的疑问，招商证券投行总部董事总经理朱仙奋对发行价格的制定做了解释。她表示，发行价格是基于三方面确定的。分别是：询价机构的报价情况；行业内可比公司的价格；发行人对价格的预期。其中，行业内可比公司取了云南白药、康缘药业、江中药业、东阿阿胶、三精制药、哈药股份6家公司，这些公司2008年市盈率平均为28倍。
     而桂林三金最终确定的发行价格19.8元，按照2008年度经审计的扣除非经常性损益前后孰低的净利润除以发行后总股本计算，市盈率为32.89倍；而本次发行前总股本计算，市盈率则为29.55倍。有投资者就此认为该市盈率水平明显高于行业平均水平。对此，朱仙奋认为，同比上市公司云南白药市盈率41倍和东阿阿胶市盈率31倍，该市盈率是合理的。 
    综合各家券商在路演之后各自给出的桂林三金询价区间可知，19.8元的发行价已接近所有报价的上限。如安信证券给出的询价区间为12.96至14.4元，渤海证券给出15至18元的区间价格，国泰君安为14.8至17.8元，上海证券为14.61至16.69元。
    申银万国相关分析师坦称，三金药业最终确定的发行价偏高。根据申银万国发布的研究报告，其合理申购价应为14.14至15.37元。2008年3月公司陆续提高西瓜霜系列和三金片价格，2009年同比有价升驱动盈利增长，预计公司2009年至2011年全面摊薄EPS为0.77元、0.91元、1.07元，同比增长27%、19%、18%。参考同类OTC药企2009年23-25倍动态市盈率，三金上市后合理价格为17.7-19.2元，新股申购给予20%折扣，合理申购价格14.14至15.37元。而中金公司发布报告估算，三金药业上市后合理价格区间在19至21.3元，建议申购价17至19元。
    所不同的是，对于三金药业19.8元的发行价，也有机构认为是合理的。根据长江证券发布研究报告，认为从该公司主营业务来看，西瓜霜系列和三金片系列两大产品去年实现的收入就超过8亿元，这在整个行业来看表现非常突出，尽管考虑到三金董事长年龄偏高等因素，但还是看好桂林三金，并认为承销商招商证券给出的价格参考区间(17元至21元)比较合理。