2013年，农业综合开发围绕夯实农业发展基础、推进农业现代化这一中心，以提高农业综合生产能力和促进农民增收为目标，大力开展中低产田改造和高标准农田建设，积极促进农业产业化经营，启动实施“园龙特”项目试点，支持构建新型农业经营体系。全年中央财政投入农业综合开发资金328.5亿元，比2012年增加38.5亿元，增长13.3%。带动地方财政投入农业综合开发资金约149亿元，吸引和带动项目区农民群众、项目单位投入农业综合开发自筹、信贷及其他社会资金约112亿元。
一、坚持以改造中低产田、建设高标准农田为重点，提高粮食安全保障能力
2013年3月，国务院批复《国家农业综合开发高标准农田建设规划》，提出到2020年，改造中低产田、建设高标准农田4亿亩，其中通过农业综合开发资金投入完成3.4亿亩。为提高粮食综合生产能力，确保国家粮食安全，2013年，中央财政农业综合开发投入中低产田改造项目和高标准农田建设项目资金213.68亿元。其中，用于高标准农田建设118.25亿元，比2012年增加15.05亿元。预计在全国改造中低产田、建设高标准农田2795.4万亩，新增粮食生产能力39.61亿公斤，新增棉花、油料、糖料生产能力7.1亿公斤。
加大对产粮大县特别是纳入《全国新增1000亿斤粮食生产能力规划（2009－2020年）》（简称《千亿斤规划》）的800个产粮大县的支持力度，着力打造全国粮食核心产区。全年共投入中央财政资金113.84亿元，计划改造中低产田、建设高标准农田1459.32万亩，是落实《千亿斤规划》的一支主要力量。
着力加强中型灌区节水配套改造项目建设。2013年，中央财政投入资金（含部门项目资金）15.38亿元，新建续建了中型灌区节水配套改造项目308个（其中：新建项目170个，续建项目138个）。这些项目建成后，预计可新增和改善灌溉面积1433.83万亩，既为项目区农业生产提供可靠水源保障，又为节约水资源、提高用水效率等发挥示范带动作用。
二、加大产业化经营项目扶持力度，激发农业产业化发展活力
（一）突出财政补助项目扶持重点，积极支持龙头企业和农民专业合作社实施产业化经营项目。以发展壮大区域优势主导产业和带动农民增收为目标，突出加大对龙头企业、农民专业合作社等新型农业经营主体实施的高效种植养殖基地、农产品加工和流通项目的扶持力度，培育壮大区域优势主导产业。2013年，安排中央财政资金17.49亿元，扶持财政补助项目约3300多个。其中，扶持农民专业合作社约2480多个，扶持龙头企业约820多个。
（二）发挥财政资金引导作用，吸引信贷资金和社会资本投入农业产业化经营。采取贷款贴息方式，引导各地积极扶持辐射带动能力强、与农民建立紧密利益联结机制的龙头企业发展农产品加工，加强农产品产地批发市场、储藏保鲜等流通基础设施建设。2013年，中央财政投入26.29亿元，扶持3492个贷款贴息项目，重点支持龙头企业实施粮油、果蔬、畜禽等农产品加工项目，“撬动”各类金融机构贷款1019.54亿元用于支持农业产业化发展。
（三）支持“菜篮子”工程建设，保障大中城市蔬菜供应和价格稳定。为贯彻落实党中央国务院关于稳定蔬菜价格、保障市场供给的指示精神。2013年，安排中央财政资金2.5亿元，扶持天津、河北实施设施蔬菜基地项目86个，建设日光温室1.2万亩。项目建成后，将对提高北方大中城市特别是环京津地区蔬菜应急保障能力，缓解蔬菜供求偏紧、价格上扬引发的矛盾发挥积极作用。
三、全面保障重点项目建设，推动部门项目发挥示范带动作用
2013年，共安排中央财政资金38.59亿元用于部门项目建设，比2012年增加9.97亿元，增长34.84%。除重点扶持中型灌区节水配套改造外，一是继续推进水土保持项目。中央财政共安排6.36亿元立项扶持了232个项目，预计建成后可提高项目区植被覆盖率9个百分点，减少土壤侵蚀量652万吨，提高水资源涵蓄量1.67亿立方米。二是继续推进良种繁育项目建设。中央财政共安排4.13亿元立项扶持198个项目，预计建成后可形成原原种扩繁基地84万亩，良种繁育及加工基地30.54万亩。三是加大对木本油料项目的扶持力度。中央财政安排3.6亿元用于296个项目建设，计划完成各类木本油料基地建设任务51万亩。四是快速增加新型合作示范项目尤其是产销对接项目投入。中央财政安排1.86亿元，立项扶持31个产销对接项目。
四、支持开展“园龙特”项目试点，加快构建新型农业经营体系
为深入贯彻落实党的十八大和中央农村工作会议精神，分类开展扶持国家农业综合开发现代农业园区、龙头企业带动产业发展、“一县一特”产业发展试点。2013年，共投入中央财政资金3.6亿元，选择河北、山西、内蒙古、重庆等17个省（自治区、直辖市）开展国家农业综合开发现代农业园区试点；安排中央财政资金8.39亿元，扶持31个省（区）实施龙头企业带动产业发展和“一县一特”产业发展试点项目131个。通过试点项目建设，力争建成一批规模化、标准化、机械化、科技化、信息化、专业化、集约化、社会化服务水平高的现代农业园区，培育一批带动能力强、与农民建立紧密利益联结机制的重点产业化龙头企业，形成一批运作规范、组织带动力强的股份合作组织和农民专业合作社，发展一批高产、优质、高效、生态、安全、市场竞争力强的优势特色产业。
五、因地制宜安排实施生态综合治理，改善项目区农业生态环境
2013年，中央财政农业综合开发共投入生态综合治理项目资金22.41亿元，在全国建设草原（场）293.68万亩，治理小流域169.07万亩，治理土地沙化8.22万亩，完成营造林任务69.31万亩。通过项目实施，加强了对生态薄弱地区的综合治理，有效改善了项目区的农业生态环境。
六、积极支持四省（区）开展“节水增粮行动”
为有效缓解我国北方地区水资源供需矛盾，促进粮食持续稳定增产，提高粮食综合生产能力。2013年，中央财政投入15亿元，继续支持黑龙江、吉林、内蒙古、辽宁四省（区）实施“节水增粮行动”。新增节水灌溉面积242.25万亩，新增粮食生产能力6.38亿公斤，确保了“节水增粮行动”的顺利开展。