由于我国迄今未能建立起适应投资基金特点的税收政策体系，三种组织形式的投资基金均面临严重的税收问题。
　　1、将契约型公募证券基金视为个人投资者征税。导致机构投资者需承担额外税负：契约型私募基金则处于税收盲区。按照企业所得税法，法人企业投资于包括上市公司在内的法人企业，股息红利作为税后收益无需缴税；公益机构的投资收益原本也属于免税收益。但是，机构通过基金投资上市公司时，基金取得的股息红利需比照个人投资者，由上市公司代扣代缴股息红利税，就需承担额外的股息红利税。规模庞大的契约型私募基金则由于不进行工商登记，一直处于税收征管盲区：不仅基金不作为纳税主体，投资者也不缴税。
　　2、将公司型基金视为法人企业征税，导致双重征税。一是基金需缴纳企业所得税，二是投资者个人还需再缴纳个人所得税，两个环节合计税负高达40%。
　　3、将合伙型基金视为一般合伙企业。导致国家税收政策面临无法实施的尴尬境地。地方普遍施行越权减免税政策。
　　基于目前的投资基金征税乱象，亟待重构投资基金所得税体系。笔者建议：
　　1、对符合投资管道条件的各类基金，统筹考虑给予税收透明体待遇。虽然企业所得税法规定法人企业是企业所得税的纳税人，但依据该法第三十六条，国务院有权以税收优惠方式，特别规定符合投资管道条件的公司型基金由投资者缴纳所得税。
　　2、暂宜统一由基金管理机构为个人履行代扣代缴义务，切实防范各类避税行为。
　　3、配合推出资本利得税，鼓励进行长期投资。对投资未上市企业满3年的，其转让股权所获得的资本利得，建议减半征税；对投资满5年的，建议减按l/4征税。对证券基金转让上市股票的所得，鉴于目前股市状况，可考虑继续暂免征税。
　　4、改进创投基金应纳税所得抵扣政策，将享受抵扣主体从基金转为投资者。将各类符合投资管道条件的投资基金视为非纳税主体，在投资者环节缴税后，就可将现行创投基金应纳税所得抵扣政策的享受主体从基金转为投资者。如此统筹设计后，税收优惠政策的效果就不会被双重征税大打折扣，将之推广到其他组织形式也不再存在加剧税负不公问题。(摘自《中国社科院要报》)