针对农业“非税”“隐政绩”产业特征造成部分主产区重点工作偏离农业的情况，部分专家学者、基层干部表示，应当改变当前“唯GDP论英雄”的考核体系，探索产区的差异化考核，设计“有税农业”转移支付制度，改变“中央反哺农业、地方反哺工业和城镇”现状。
　　首先，对主产区的考核标准应当向提高粮食生产能力、农业综合发展能力倾斜，“向粮要政绩、问农要指标”。江西省社科院农村经济研究所副所长尹小健表示，“GDP本位”的考核体系“一把尺子量到底”，忽略了各地自然条件、经济基础、资源禀赋差别，应当在主产区单独建立考核体系。除了设立专项扶持基金外，应以对国家粮食安全贡献度为标准建立考核制度，不再将农业大县和工业大县进行简单排名，改变“农业弱势化、干部边缘化”现状，使其安心抓粮。
　　第二，在健全基层基本财力保障机制的同时，探索建立奖补资金与农业产能相挂钩的转移支付制度，使农业变为“有税产业”。江西省宜春市农业局局长邹献明建议，应当核定农业大县第一产业的GDP值，按照二三产业GDP的税率，计算一产的税收额度，国家以此为基准，将这一部分“虚拟税收”作为一般性财政转移支付给农业大县。“地方只有做强做大农业产业产值，才能获得转移支付”。“例如，2012年宜春市农业产值约300亿元，比照二三产业7%左右的税率，可获得中央21亿元的财政转移支付额度。”
　　第三，完善相关产业配套政策，促进加工、仓储、物流相结合的农业现代产业发展，延长农业产业链。中国农业科学院党组书记陈萌山说，2012年我国农牧渔业总产值为5.2万亿元，农产品加工产值是15万亿元，农产品流通产值超过10万亿元，后两项之和是前者的两倍以上，发展前景广阔。
　　山东省委农村工作领导小组办公室副主任刘同理认为，仅靠中央转移支付主产区财政状况很难改善，帮助其发展产业才是根本。“支持主产区产业发展，一方面让种粮大县种粮不吃亏，一方面发展重点产业，‘两个轮子一起转，就像寿光、诸城这些的农业产业大县，照样能成为财政大县’。”
　　第四，“有多少钱办多少事”，逐步减免主产区的项目配套，促使产粮大县财权与事权相匹配。中国农业大学经济管理学院教授林万龙建议，应对产粮大县的债务进行分类调查，划清责任归属，逐年核销其因执行中央粮食政策而积累的银行债务，营造相对宽松的财政和金融环境。逐步调整财税关系，给产粮大县更多财权，实现财权与事权的统一。