目前，我国水污染程度较深、治理难度较大，涉及水污染的突发事件频发。专家建议，应尽快由权威机构对水污染状况进调查、建立协调机构改变水污染治理多头管理的现状，从制度上扭转GDP政绩观，并从源头抓起不断前移防污治污关口，不断加大水污染治理投入力度。
　　中国人民大学环境学院院长马中、山东大学环境科学与工程学院副院长张建等人认为，全面了解我国水质污染状况的分布、程度及主要污染物，是进一步科学防污治污的基础，应由权威机构组织相关科研单位和人员进行全国范围内进行一次调查统计。
　　多位环保行业专家学者认为，环境红利是我国能保持续多年经济高增长的原因之一，但目前一些地方的水污染状况已逼近极限，改变GDP政绩观、妥善处理经济发展与环保关系迫在眉睫。
　　陕西省政协人口资源环境委员会副主任司全印建议，国家应该根据资源与环境的容量，反推出环境能容纳的GDP增幅，由此设定GDP发展的环境上限。同时还应测算出治理污染与经济发展的关联图，分别描述GDP保持不同增速时，我国的环境会出现怎样的态势。
　　公众与环境研究中心主任马军说，在短期内从根本上改变GDP导向指挥棒的难度很大，因此还要通过制度上制约地方政府的行为。首先要推进环境信息实时公开，制约地方政府对环境执法和环境诉讼的干扰；其次是强化地方党政“一把手”的环保职责，要改革考核政绩的传统模式，实现环境保护一票否决制；还应打造要公众深度参与环保公共事务的平台，让公众对环保公共事务的每一次投诉或举报件件有着落，第一时间处理，第一时间回复，让公众的监督落到实处。
　　《经济参考报》记者在多地采访了解到，水资源综合管理没有统一的管理体制、水污染治理多部门，成为当前治污防污的难点之一。目前与水质污染与治理相关的有水务、环保、国土、住建、地质等多个部门，这就造成管理权责不清、管理盲区较多的混乱局面。以与水污染密切相关的水源地管理为例，目前城市与农村、地表水与地下水、水量与水质等管理割裂，多龙治水、政出多门的现象普遍存在，造成水源地不管供水、供水不管排水、排水不管治污、治污不管回用的现状。水资源开发利用管理无序，水资源浪费严重。
　　对此，北京大学水资源研究中心教授郑春苗、安徽省环境监察局局长黄建树等人建议，水污染防治工作不能头痛医头脚痛医脚，环保问题是一个社会问题，涉及经济、社会、文化、政治等多个领域，不是仅仅依靠环保部门解决污染问题。因此不仅要从治理企业排污等微观层面考虑，更应当全面考量，比如从区域工业布局、产业产能转移等宏观层面上考虑。因此应尽快从法律角度对水污染治理明确权责，交由统一部门进行协调管理。
　　多位环保界人士认为，近年来我国水污染的总体趋势是工业污水控制较严格、农业污染危害渐显、生活污水不断增加。对此，过去边污染边治理的治理模式，在新形势下必须转变为将水污染防治关口前移，从源头控制污染源。
　　贵州省环保厅副厅长姜平、陕西省延安市环保局副局长郝明建等人建议，要继续强化环境审批，严格环境准入，建立起有力的源头防控体系。其中在关口前移时应分层次分区域进行，首先是对长江、黄河、淮河等流域水污染严重、环境问题突出的地区进一步加化流域限批，特别是对重点流域的高污染项目实行“禁入制”。其次要对现有落后产能的淘汰也要实行源头控污。对高污染的项目、不符合产业政策和减排要求的项目不予批准建设，从源头上杜绝新的水污染源的产生。
　　全国人大代表王学求认为目前我国对水污染防治资金的投入力度还需继续加大，应该通过法律规定水污染防治的投入在国民经济生产总值中的所占比例，并以法律形式把政府用在治污防污的基础设施、数据调查与监测、公共污染事件应急处理、环保应用技术研究等方面的基本投入固定下来，该是政府投入的要足额确保，并对无法落实投入的部门和个人进行问责。
　　山东省平原县环保局副局长张朝清、陕西省西安市环保局水污染控制处处长赵金玉等人建议，在农村必须推行以改善农业生态环境、加快农村经济发展为主要内容的生态农业生产体系。把现代化科学技术和传统农业精华有机结合起来，逐步增加有机肥料的使用，减少化肥、农药的使用。同时开发生物农药技术，推广以菌治虫、以虫治虫的生物技术替代农药。并逐步把农村富余劳动力从污染型乡镇工业转移到生态农业建设上来。