1、地方政府消极被动，疲于“凑数量”。国家制定公共租赁住房政策和目标，最终是要由地方政府来具体落实的。然而，地方政府没有公共租赁住房的供给决策权，只是被动地执行上级分配下来的供给数量、供给方式和供给程序。因此，很多地方政府疲于完成上级下达的任务，而没有真正把建设公共租赁住房当做自己应尽的职责，可以说，地方政府积极性不高是公共租赁住房建设中的最大障碍。
　　2、公租房建设管理体制不完善，供给方式单一。发展公共租赁住房在我国还是一个新兴事物，各地不可能在短时间内健全公共租赁房的供给管理体制，也制约了公共租赁住房的良性发展。主要表现在两个方面：一是公共租赁住房的规划建设与公众需求严重错位。当前公共租赁住房供给决策是“自上而下”命令式的分配任务，地方政府也只是消极被动地完成任务，而不足由地方政府通过基层调研、摸底，听取社会公民的真正诉求从而形成决策，因此造成公共租赁住房供需“背道而驰”的局面。二是很多地方政府的公共租赁住房管理机构不健全，决策人和执行人混在一起，责任分工不明确，导致政府行政事务过多，行政效率不高。
　　3、资金缺口仍然很大，地方政府的财政压力加大。2011年中央用投入各类保障性住房资金补助为1210亿元，但仅占所需资金的10%，剩余90%则需要地方政府去筹集。分税制改革导致地方政府高度依赖土地财政，而公租房用地要求无偿划拨，地方政府还要支付各种税费以及其他各种开支，使得很多地方政府已面临严重的收支平衡难题，再加上公共租赁住房投资回收期长，更加大了地方财政的压力。
　　4、公租房配租条件苛刻僵硬，分配公平难以保障。其一，各地方政府虽然已经在尝试建立适宜本地区的配租试行办法，但会不会考虑地方“困难”而扭曲执行使得配租条件更加苛刻呢？其二，《公共租赁住房管理办法》需要以信息的透明性为前提，但由于家庭和个人住房、收入及金融资产的基础信息不足，申请资质审核存在一定难度，退出机制也不尽完善，会不会滋生分配权力寻租漏洞呢？其三，公共租赁房属于投资回收期长、即时回报率低的项目，地方政府部门会不会放松管理，缺乏有效的质量监督，从而降低公共租赁住房的公信力呢？诸如此类问题宜充分注意。