深圳作为我国高度城市化的城市，一直走在土地制度改革前列。但是，由于之前改革仓促，仍然存在未完善征(转)地补偿手续的用地，这些地块虽名义上为国有，但实际仍被原村集体占有，甚至在无合法手续的情况下进行违法建筑，造成土地资源闲置或低效利用。
有鉴于此，2013年年初，深圳发布促进产业转型升级的“1+6”文件。由于文件中的《深圳市完善产业用地供应机制拓展产业用地空间办法(试行)》提出，深圳原农村集体经济组织继受单位合法工业用地可申请进入市场流通，使得被外界视为禁区的国内土地管理制度改革有了重大突破，这也标志着中国土地改革进入深水区。深圳土地与规划委员会相关人员表示，计划力争于年内推出一批试点项目用地，为《办法》执行打开局面。
土地国有化转制遗留问题逐渐显现
事实上，深圳早于1992年便完成了特区内土地国有化转制，但由于发展速度过快，深圳很快又开始面临“无地可用”的困境，深圳又于2004年以城市规划“全覆盖”的方式，将特区外260平方公里土地转为国有土地，随之深圳市也成为国内首个没有农村建制的城市。
值得注意的是，虽然深圳完成了全市土地国有化转制，但仍面临着更为尴尬的处境：尽管在规划中已将原村集体土地征为国有，但大量土地并没有完成相应的补偿返还手续，因此实质上依然属于村集体及股份公司所有，而随着城市化进程中土地价值的不断提升，政府也越来越难以支付这笔数额巨大的补偿。
深圳市规划和国土资源委员会相关负责人表示，对未完善征(转)地补偿手续的用地，名义上虽为国有，但实际上却被原村集体占有，政府补偿标准又往往满足不了原村集体的要求，导致土地无法整备至政府手中。同时由于原村集体无合法手续也无法使用土地，有时甚至还建设违法建筑，造成土地资源闲置或低效利用，政府和原村集体形成“双败”格局。
另一方面，对于那些权益不清的“灰色地带”，在历经多年调整和“灰色开发”后，其土地权益的划分又陷入“剪不断、理还乱”的困境。
以深圳市光明新区为例，其管辖辖区内光明街道就面临着这样的难题。作为仅存的几个国有农场之一，光明农场由于涉及历史遗留问题，至今土地返还资金分配仍未到位。光明新区光明街道办事处党工委副书记胡在礼向《经济参考报》记者介绍了光明农场的历史沿革。自1958年建成以来，光明农场职工构成与其他农场有很大不同，一部分是建场之初自带土地进场的老职工，另一部分是1979年从越南回归的侨民，还有一部分是改革开放后迁来的外来人口。
胡在礼说，为妥善解决光明办事处原居民要求土地返还诉求，2010年3月，市府四届158次常务会议纪要明确，参照收转集体土地的标准，给予原光明农场职工土地补偿和非农用地。深圳市给予光明新区、办事处用于解决土地问题的资源一共有三项，一是土地补偿6.4亿元，包括土地补偿费1.9亿元，这部分资金是依据深圳市政府121号令，按照政府历年来收回光明农场的土地，采取集体打包的方式支付，性质是集体资产；二是工商用地指标104万平方米，考虑到光明新区目前土地资源较为紧张，市政府将另外50万平方米土地按每平方米2000元的价格折现10亿元作为土地开发资金；三是帮扶资金1.6亿元，这部分资金是深圳市政府考虑光明农场6个革命老村原住民曾作出的贡献和贫困落后问题，授权新区和办事处用于解决光明民生问题的帮扶资金，性质上是财政资金，由政府决定用途。目前，光明农场“原住民”对其中的1.6亿帮扶资金的归属问题存有疑义。
胡在礼介绍了20亿元资金的处理办法：“根据接收安置原农场职工主体的不同，将问题分为三个部分解决：一是光明办事处下辖碧眼等8个社区承接的11567名原农场职工，通过‘依托社区组建股份公司发展集体经济’予以解决；二是光明办事处下辖白花社区承接的约800名原农场职工，单独另案处理；三是光明集团承接的5783名原农场职工和退休职工，按照启动光明集团土地确权工作，确权政策适当宽松，在国有企业体制内保障集团在册职工长远生计的原则加以解决。”
但值得注意的是，深圳市政府会议纪要中明确，“依托社区成立股份合作公司，作为承接土地、资金的载体”，但直至今日，在6个村共2800多名村民中，有2500多名村民联名向有关部门反映，涉及原住民的村集体补偿仍未到位。究其原因，并不是上级政府拨款不及时，而是所需成立的股份制公司一直未有定论。
记者日前在采访中了解到，光明街道办事处目前正在碧眼村进行成立股份制公司的试点工作。当地村民对此大为不解，他们表示，成立股份制公司这个方案是由市政府多个部门联合确定并在会议纪要中明确的，光明街道办事处为何还要进行“试点”？村民们担心，所谓试点公司的股东根本不是村民们选举的。
此外，对于光明街道来说，另一个让人头疼的事便是违法建筑肆意发展。作为深圳土地“储备库”的光明新区，违法建筑不在少数，不少楼盘正在公然叫卖，有的还建在别人的土地上，而这种现象并没有得到查处。仅距光明街道办事处三公里左右，一个占地两万平方米的“凤凰农贸市场”拔地而起。深圳国土规划委光明新区分局相关负责人对此表示，此营业场所并未经过相关部门审批，属于违法建筑。
那么，违法建筑为何没有被查处？“监管方面真的很难，我们没有一个人在执法过程中没有被打过。”光明新区规划土地监察大队相关人士表示，不是他们不想管，一方面，每次在监察时一去就停工，另一方面，权益不清的灰色地带，太不好认定。
事实上，根据深圳市政府公布的资料，截至2010年1月，深圳未办理任何审批手续的建筑达2.93亿平方米，占总建筑面积中的39%。另外，2011年深圳全市917.77平方公里建设用地中有390平方公里土地属原农村集体用地，占建设用地比例高达42.5%，其中约有1/4(95平方公里)为合法用地，约3/4该类土地存在产权复杂、征转手续不清、违法建设等问题。
政策创新欲解土地权属争议
2013年1月，深圳市政府发布《深圳市完善产业用地供应机制拓展产业用地空间办法(试行)》，明确指出，未来深圳将根据产业类型实行差别化供地、差别化地价，并将工业用地的土地使用权最高年限下调至30年。同时，作为深圳拓展产业用地空间的配套政策，原农村集体经济组织继受单位合法工业用地也可申请进入市场流通。另外，为促进农村集体土地在土地市场的交易，将健全全市产业用地供应的信息公开和收集制度。
深圳市规划和国土资源委员会相关负责人在接受《经济参考报》记者采访时表示，《办法》提到的原农村集体经济组织合法工业用地和尚未完善征(转)地补偿手续的工业用地，前者是政府将土地使用权批准给原农村集体经济组织并供其使用的建设用地，后者是在2004年深圳宝安、龙岗两区城市化全部农村集体土地转制为国有后，即全市土地已经国有化后前提下的未完善经济补偿关系的土地，与国内其他地区的“集体土地”是有所区别的，该部分土地入市与国家现行土地政策是基本一致的。
“《办法》引入市场机制创新土地收益分配方式，有利于促进原农村集体将土地释放出来，拓展深圳产业空间，为深圳产业转型升级服务。”上述人士表示。
按照深圳市文件规划，深圳原农村集体经济组织继受单位合法工业用地放开入市，可以用两种收益分配方式供选择，“第一种方式是所得收益50%纳入市国土基金，50%归原农村集体经济组织继受单位，第二种方式是所得收益70%纳入市国土基金，30%归原农村集体经济组织继受单位，并可持有不超过20%的物业用于产业配套”。
另外，为进一步调动原农村集体经济组织继受单位的积极性，申请纳入全市统一的产业用地市场的合法留用地，免收《深圳市原原农村集体经济组织非农建设用地和征地返还用地土地使用权交易若干规定》中规定的工业类用地需缴纳的地价。而可进行出让的产业用地，则需在深圳原农村集体经济组织继受单位实际占用的符合城市规划的产业用地的基础上，理清土地经济利益关系，完成青苗、建筑物及附着物的清理、补偿和拆除后，才可申请以挂牌方式公开出(转)让土地使用权。
对此，深圳市规划和国土资源委员会曾表示，深圳在2004年前后就实现了城市化，土地实现了国有化。此次政策创新，主要是针对农村城市化过程中存在“部分土地权益有争议，政府拿不回、集体用不了”的历史遗留问题，以及部分深圳原农村集体经济组织继受单位将土地用于低端厂房建设、廉价出租的现状，以期盘活土地资源，为深圳转型升级腾出更大空间。
问题出在明晰产权方面做的不够
此次深圳土地管理制度改革被认为是拉开土地供给双轨制的序幕，也可以说是为未来城镇化土地制度改革探路。国家发改委城市和小城镇中心规划研究部主任文辉表示，深圳土地制度改革一直走在我国前列，虽然不具有可复制性，但其部分内容以及改革中所存在的问题值得后期城镇化城市借鉴。
文辉认为，在发展城镇化的背景下，很多城市都会遇到和深圳类似的情况，因此，从深圳土改中寻求问题真正原因，便是深圳试点的成功。
“问题的出现多是在明晰产权方面做的不够。”文辉认为，深圳在未完成土地确权的条件下便一次性将土地性质进行更改，才出现很多所谓的历史遗留问题。“确权后至少可以保证现有土地法律规定年限内不会出现问题，而对于超过年限的土地，则需要更全面的顶层设计。
“在土地改革过程中，应减少政府层面的参与。”中国房地产协会副会长朱中一表示，现行农村土地入市途径一般是先将农村集体用地转变为国有用地，再通过政府招拍挂等方式将土地使用权转让，这种方式一方面催生地方政府对土地财政的依赖，另一方面却并未使农民从土地使用权流转中收益。
朱中一认为，深圳市土改政策意在农村城镇化过程中理顺农村集体经济组织土地权益争议的同时，使农村土地使用权受让方直接与出让方对接。这使农民直接从土地使用权出让中直接受益，并补充地方财政收入。
“政策设定都是尽量市场化，使农民受益，因此，在后期分配过程中，更应该减少政府层面的介入，真正使农民自主决定。”朱中一表示，这样一方面加大农民土地改革积极性，另一方面，减少在征地过程中农民与政府间所产生的矛盾。