中国社科院金融研究所16日发布的《中国支付清算发展报告(2013)》称，当前人民银行支付清算体系建设中存在制度性问题，支付系统条块分割、碎片化，会计核算系统众多，对商业银行的资金利用效率和人民银行的流动性监测造成负面影响。
　　中国社科院金融研究所支付清算研究中心主任杨涛说，人民银行在全国各地县级及其以上地区都设有分支机构，全国性商业银行也根据行政区划设立了为数众多的分支机构。为了办理跨行资金清算等业务，商业银行的分支机构多在当地的央行分支机构开设准备金账户。由此，清算支付系统的众多账户数据分属在央行的不同会计核算系统中，有的属于支付系统清算账户，有的属于央行会计核算系统内部账户。商业银行的不同分支机构开设的账户之间相互独立，很难根据清算的需要而相互间调动资金，这就会造成在同一商业银行中，有的支行账户清算资金短缺，而有的支行账户清算资金闲置，由此降低资金利用效率。人民银行亦可能无法及时获取所有银行机构的流动性情况，从而对央行的监督能力构成影响，也隐含了支付系统流动性风险。