根据国务院机构改革和职能转变方案，不再保留铁道部，实行铁路政企分开。将铁道部拟订铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部；组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责；组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责。
　　对此，不少网民认为，铁路深水区改革刚刚起步，改革难度不容小觑，其难点在于提高管理效率，减少寻租空间。而一旦铁路实现政企分开，受制于成本和经营的压力，票价和运价或暂时上涨，这是铁路市场化改革不得不迈出的一步。

　　政企分开值得称道

　　网民“我就是泰山黄河”认为，这次拆分，政策方面的职能归到交通运输部，执行方面的职能归到中国铁路总公司，为以后的政府职能转变，提供了范本。
　　网民“wwj阿炬1992”说：“别了，64岁的铁道部。政企分开有利于中国铁路事业的长远发展。我所关心的是，市场化运作下的中国铁路票价，可别涨得太猛啊。”
　　网民“青评”认为，实行政企分开，中国铁路事业行将翻开历史新页。由于铁路货运尚有一定利润，而铁路客运呈常年性亏损，适度提高运价，将首先从铁路客运起步，从现在起，人们应当对火车票价格建立相应的心理预期。这再次印证了一条颠扑不破的真理：任何改革都不是免费的午餐。

　　改革难度不容小觑

　　署名为“叶檀”的博文认为，中国铁路深水区改革刚刚起步，政企分开值得称道，但此时下任何市场结论，都为时过早。铁路改革的难点在于提高管理效率，减少寻租空间。
　　网民“张敬伟”认为，铁道部虽然政企分家，人们还有一个最大的疑惑：铁路欠下的巨额债务怎么办？据统计，截至2012年三季度，铁道部已经负债超过2.6万亿元。这2.6万亿债务，不管是实际偿还，还是国家买单，都将是铁路总公司摆脱不了的负担。另外，新的铁路融资博弈也不容忽视。虽然2005年、2010年和2012年国家先后出台民资进入铁路领域的文件，但民资很难冲破铁路融资的“玻璃房”。政企分开之后，市场化的铁路总公司不能再对民营资本麻木不仁。如何打破铁路投资的铁幕，让社会资本广泛参与是铁路总公司面临的迫切难题。这场资本的博弈大幕已经悄然拉开，考验着铁路总公司的资本运作能力。

　　票价运价将市场化

　　网民“郑州”认为，原来的铁道部政企不分，承担部分公益职能，客货运输铁道部是不能随便涨降价的。政企分开后，铁路公司经营是要利润的，涨价是必然的。当然，如果无人坐火车，降价也是必然的。
　　署名为“叶檀”的博文认为，未来最有可能发生的情况与成品油市场一样，铁路运价除了公益部分由发改委主导，其他部分将逐步推行市场定价，铁路运输价格尤其是货运价格的提升是大概率事件。铁路管理有两大权力，一是铁路网的天然垄断，二是与此相关的铁路调度权。监管好两大权利，进行准确定价，是未来铁路改革市场化能否成功的重中之重。