环保部、国家发改委、财政部2日联合发文，要求对于国家重点生态功能区，要健全生态环境保护责任追究制度，加大惩罚力度。对于未按重点生态功能区环境保护和管理要求执行的地区和建设单位，上级有关部门要暂停审批新建项目可行性研究报告或规划，适当扣减国家重点生态功能区转移支付等资金，环境保护部门暂停评审或审批其规划或新建项目环境影响评价文件。对生态环境造成严重后果的，除责令其修复和损害赔偿外，将依法追究相关责任人的责任。
　　国家发改委国土开发与地区经济研究所所长肖金成3日接受《经济参考报》记者采访时表示，国家重点生态功能区违规开矿、小水电、工业占地等行为时有发生，有的地方政府对这些行为“睁一只眼、闭一只眼”。他建议，有的县区里既有山地、湿地等生态脆弱区，又有平原等资源环境承载力强地区，规划不能“一刀切”，应该进一步细化，做到欠发达地区的经济发展和生态保护的平衡。
　　环保部资料显示，2012年，全国共有国家重点生态功能区452个县域接受了生态环境质量考核。官方数据显示，中国共有2862个县(区、市)。
　　环保部环境监测司钱震等表示，在国家重点生态功能区县域生态环境质量考核中发现，少数县级政府在考核工作的组织、数据填报的质量上存在问题。
　　这份《关于加强国家重点生态功能区环境保护和管理的意见》强调，要依托资源环境承载能力相对较强的城镇，引导城镇建设与工业开发集中布局、点状开发，禁止成片蔓延式开发扩张。要严格开发区管理，原则上不再新建各类开发区和扩大现有工业开发区的面积，已有的工业开发区要逐步改造成低消耗、可循环、少排放、“零污染”的生态型工业区。国家发展改革委要组织地方发展改革委进一步明确国家重点生态功能区的开发强度等约束性指标。
　　该意见提出，对于不适合主体功能定位的现有产业，相关经济综合管理部门要通过设备折旧、设备贷款、土地置换等手段，促进产业梯度转移或淘汰。