德国政府在大力推动有机农业发展的同时，对有机食品的质量和安全严格把关。从农田到餐桌，德国已拥有一套完整的食品安全监管网络，包括食品和饲料生产商的“谨慎自查义务”、严密的食品追踪体系、监管人员严格检测以及依法严办的问责制度等。
　　目前，德国是欧盟最大的有机食品市场。2000年至2010年，德国有机食品销售额增长近三倍，达近60亿欧元。
　　截至2011年底，德国共有2.25万家农业企业从事有机农业生产，总占地面积超过100万公顷，分别占德国所有农业企业和农业总占地面积的7.5%和6.1%。德国生态农业领域的生产、加工和贸易商达近四万家。
　　为鼓励有机农业发展，德国政府出台了包括设立奖金、重点扶持等多项鼓励政策。例如，政府每年向联邦生态农业和其他形式的可持续农业项目投入1600万欧元，对有机农业的生产、销售、加工、营销各环节予以支持。
　　欧盟2007年出台《有机农业条例》，对植物种植、动物饲养、水产养殖、红酒酿造等有机食品生产以及从第三国进口有机产品提出严格标准。其中规定，有机食品是指来自于有机农业生产体系，不使用化肥、农药、生长调节剂等化学合成物，不使用基因工程生物及其产物生产加工的食品。
　　有机农业生产体系的核心是建立和恢复农业生态系统的生物多样性和良性循环，以维持农业的可持续发展。
　　《有机农业条例》对有机农业产品生产和加工作出具体规定。
　　德国一向重视食品安全，为了更好地贯彻欧盟标准，德国2009年对已实行多年的《生态农业法》进行修订，对如何监管有机农业作出系统性布局。
　　该法律规定，食品安全检查由各联邦州负责，各州可将检查监督工作全部或部分委托私人机构代理。私人机构在联邦农业与食品局(BLE)许可下获得检查许可和欧盟编号，并有义务在网上公示其负责检查的农业企业，在查出违规食品后及时向各州食品安全监管部门汇报。另外，从第三国进口的食品在德国市场销售，也须得到联邦农业与食品局许可。
　　现阶段，德国共有20个食品安全检查站点，全部为私人企业，德国16个联邦州食品安全部门负责对这些企业进行管理。所有检查站均须符合欧盟标准，获得欧盟编号。检查站每年须依据欧盟法规，对德国有机农业生产、加工、进口企业至少检查一次，部分企业还会面临抽查。检查侧重“过程控制”，如有特别怀疑的情况，检查站也会提取土壤、植物样本，分析是否含有农药、重金属等残留物。
　　在“过程控制”检查中，有机食品生产和加工商须如实汇报产品生产情况，包括提供土壤、厂房、设备等方面的信息。作为生产企业，有义务记录从原料到产品的全部生产过程。例如，农业企业须出示详尽的耕作计划、购买种子和肥料的数量、交易对象等信息；而面包商要提供小麦来源、烤面包师傅姓名等信息。这样可以保证在产品出现问题时追溯至生产者。按照规定，如果农业生产企业同时经营有机农业和传统农业，传统农业部分也需要出示生产记录。
　　与种植业监管类似，牲畜饲养者须记录饲料购买、动物买卖、疾病预防与治疗等情况，肉食加工商则要出示配料表、添加剂使用等记录。一旦查出问题，违规产品不能冠以“有机”标志出售。如今，德国食品安全得到众多民众信任。虽然时有曝出鸡蛋二口恶英污染丑闻，但多为农场自检发现，问题产品得到及时召回，未出现民众中毒事件。
　　尽管德国在有机食品监管方面已堪称“细致”，业肉人士还是针对监管体系提出意见。自2006年起，已实现信息共享的德国各检查站开始利用同一网络平台公开被检查企业信息。借助这一平台，将每批货物的流通登记在案，以对买卖双方进行监督，杜绝欺骗造假。目前这个项目仍在建设中。