城市资本下乡对于解决农业和农村经济发展“贫血症”，破解城乡二元问题具有积极意义。但部分专家也建议，应关注大规模的资本下乡所带来的“非粮化”倾向和“用地难”等问题。
　　西南政法大学副校长刘俊指出，资本具有天然的逐利冲动，在当前农村种粮普遍不赚钱的背景下，城市资本进农村一般不会投到粮食生产领域，而是选择产出效益更好的项目，如花卉苗木、水果种植、特色养殖、乡村旅游等。随着城市资本下乡规模的不断扩大，这种“非粮化”倾向很有可能影响粮食安全。
　　刘俊的判断不无道理。《经济参考报》记者梳理了重庆10个城市资源下乡示范项目发现，这10个项目无一涉足粮食生产，重庆市农投集团乳业产业化项目等6家企业以畜牧业养殖和加工为核心，金科现代农业园等3家企业以花卉苗木种植、旅游观光为主，另外一家是重庆美心集团，以制造业、旅游开发为主。
　　刘俊强调，虽然目前国内不少地方的城市资本下乡给农村注入了活力，提高了农民收入，一定程度上解决了农村剩余劳动力就业和土地撂荒等问题，但如不从根本上解决农民种粮不赚钱的基础性问题，城市资本下乡带来的这些成果不能持久。
　　除此之外，不少城市资本下乡企业负责人和基层干部也表示，城市资本下乡面临着一个重要难题——“用地难”，特别是城市资本对农村建设用地的需求与现行农村集体建设用地管理体制存在较大冲突。
　　在九龙坡区的千秋村，作为城市投资业主的重庆庆业爱农生态农业有限公司在做好土地及产业规划的基础上，对该村的耕地和村落进行了整理，比原来多出了700多亩耕地，新腾出370亩集体建设用地。爱农公司负责人赵宜盛告诉记者，按照千秋村的产业规划，节约出的370亩集体建设用地将作为示范农业和休闲农业的建设用地，进行开发利用。但按照现行的《土地管理法》，农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设，所以要获得这些建设用地，必须走“先征收，再出让”的老路。
　　爱农公司面临的土地问题同样也出现在涪陵区蔺市镇美心示范项目中，不过美心公司迫于自身发展需要，只能选择走先征收再“招拍挂”购买国有土地的方式，以工业用地13万元一亩，经营性用地52万元一亩的高价获得了发展所需的建设用地。
　　而永川区黄瓜山统筹城乡示范区管委会相关负责人告诉记者，不少城市资本到该示范区投资所需要修建的房屋建筑，都是打着“农村集体组织自身所需”这样的由头修建起来的。这些建筑既无产权，也没法买卖，稍有一些风险意识的老板都不愿意这么做。
　　针对这些问题，重庆市发改委副主任徐强表示，城市资本下乡遭遇“用地难”困境，反映出目前市场机制和要素市场向农村延伸的幅度还很不够。在目前的市场经济体制下，城市资本下乡后，对农村集体建设用地使用权流转的内在需求已经普遍存在，事实上国家也明确提出了逐步建立城乡统一的建设用地市场，为农民集体建设用地进入市场，合法流转，以土地权益分享工业化、城市化成果提供通道。所以，对农村集体建设用地的合法流转进行更深层次探索，会更好促进城市资本下乡。
　　徐强说，不光是土地，包括资金、劳动力、技术在内的其他要素目前在城乡之间流动也还存在诸多体制性壁垒。所以，要进一步推动以工促农、以城带乡，就必须要把土地、资金、劳动力和技术等要素通过市场机制的作用，让其在城乡之间合理自由流动，最终推动城乡相同要素的同质化，市场一体化。对此，可从以下几个方向着力：一是科学编制发展规划，合理布局发展空间。二是研究制定扶持政策，营造平等发展环境。三是明晰要素权属关系，努力破除体制障碍。四是加快农村管理体制调整，创新要素组织形式。此外，要建立风险防范机制，实现城乡互利共赢。