失去神圣光环的马云，能否在新的一年里带领阿里巴巴迎来新的轮回？
一直宣讲诚信和商业道德的马云，在2011年支付宝股权转移事件中，一度陷入了商业诚信和丧失契约精神的质疑中。失去了神圣光环的马云，开始将权力转移，更多地隐于幕后。
尽管身为阿里巴巴集团主席和首席执行官，但在外界看来，马云更像是一个“影控”国王，在幕后牢牢掌握着阿里巴巴的一切，只在最危机的关头露面，又如救火先锋。
多年来，他最想做的一件事，就是从雅虎的手中回购股权，目的是为了让阿里巴巴下一代管理者不必过于承受股东的压力。
重掌阿里
2012年，马云已经越来越少在公众面前出现。即便如此，他也从未停止过幕后的工作——从雅虎回购股权、主导阿里巴巴从资本市场退出、重整公司架构。
用马云的话说，这一切是为了阿里巴巴下一代管理者，不必过于承受股东的压力。
直到6月18日，港股上市公司阿里巴巴公告宣布，开曼群岛大法院已经于6月15日批准了公司私有化计划。香港联交所以此计划生效为前提，已经批准撤销阿里巴巴股份公司在港交所的上市地位，于2012年6月20日16时生效。
阿里巴巴集团对此次私有化给出的解释是，这是出于公司业务战略转型的需要，并同时给小股东提供变现投资收益的机会。
马云认为，中小企业在面临原材料、劳动力成本上涨等巨大压力下，B2B的业务模式面临着巨大的挑战，需要加快转型升级。但在外界看来，阿里巴巴B2B公司私有化的真正目的，是配合马云重整阿里巴巴棋局中的一环。
紧接着，马云再出一招，调整阿里系各子公司为事业群。由于各子公司过于强大，导致集团对他们的掌控力过弱。
7月23日，阿里巴巴集团对外宣布，集团将从原有的子公司制调整为事业群制，把现有子公司的业务调整为淘宝、一淘、天猫、聚划算、阿里国际业务、阿里小企业业务和阿里云等七个事业群。在七个事业群背后，是阿里系的数据以及技术底层的打通。此前，各子公司各自拥有账户系统，这对整个集团而言是资源的分散。在此基础上，阿里巴巴集团形成一个CBBS（消费者、渠道商、制造商、电子商务服务提供商）市场集群。
七个事业群总裁直接向马云汇报。在此次的架构重整中，马云把刚刚退市的阿里巴巴B2B公司业务分成了两块儿，业务更加细化，目的是为了加速推进“one
company”的目标，
“把阿里巴巴的中小企业和淘宝市场体系有效地结合，是为了全面提升集团对小企业和消费者的服务能力，建立合理的组织机制保障。”上述调整对于阿里系来说，仍未解决一个根本问题，即40%的股权仍然握在雅虎手里。大权外落，对马云而言，是一件充满危机的事儿。
用马云的话来说，这不利于阿里巴巴集团日后的管理层。“一旦有一天我退休了，职业管理团队持股比例过少，在做决策时会遇到问题。我不想让在雅虎和其他公司发生的事情在阿里巴巴重蹈覆撤—没有人能做决策，最后只能是股东决策，这对大公司是一场灾难。我希望不管谁执掌公司，他都能负起责任。花这么大精力确保阿里巴巴有一个健康的股东结构，原因就在于此。”
正因为有了这些想法，才导致马云在2011年支付宝股权转移事件中，一度陷入了商业诚信和丧失契约精神的质疑中，但这并未阻止马云夺回股权的行动。
此前马云屡有尝试，但并未成功。
马云向媒体透露，从2010年开始，阿里巴巴集团向雅虎提出回购股权的想法，因为在中国做互联网，企业数据、消费者信息数据会变得越来越敏感，如果公司的股权有很高的外资比例，对阿里巴巴集团发展不利。
“过去这些年，我们一直有交流这个问题。”
当时，雅虎拿出来了一个方案，供董事会探讨。到了“关键时刻”，雅虎又反悔了，最终导致回购方案流产。
“企业做事情一定说话要算数，如果不算数，这事没法谈了。”马云说，“我对他们没信心，今后再要讨论什么事情，要写下来，想清楚了再跟我们干。”
这一次的失败谈判激发了马云势必拿回阿里巴巴集团控制权的想法。马云在赴美期间，将很多时间花在了游说雅虎董事会成员上。
2011年10月7日，马云在斯坦福大学的演讲中明确表示有意收购雅虎，从而拿回雅虎特有的阿里的股权。一度有消息称，阿里巴巴集团和软银与私募基金积极接触，着手完全收购雅虎。
2012年2月，雅虎与阿里巴巴之间就亚洲资产出售的交易陷入僵局。
直到5月，阿里巴巴与雅虎之间达成了股权回购协议：阿里巴巴集团将动用63亿美元现金和不超过8亿美元的新增阿里巴巴集团优先股，回购雅虎所持有的阿里巴巴20%的股权。股权回购后，雅虎与软银在阿里巴巴集团的投票权也随之被大大稀释。交易完成后，两大股东的投票权将降至50%以下。
内部肃清
对于一个已经拥有淘宝、天猫、一淘、阿里云、阿里巴巴B2C以及中小企业各种业务的阿里集团，虽然有明晰的业务线，但是整个系统却仍显混乱，在一定程度上，其优势资源并未得到最大程度的体现。加之面对目前电子商务的环境，集团旗下各大子公司过于强大，却并未形成合力。对于马云而言，重整公司并非易事。这不仅是包括对公司架构的调整，还包括对13年成长过程中积弊问题的清除，包括最为外界诟病的欺诈和腐败问题。
马云的第一把刀，挥向了彼时还在港股上市的阿里巴巴B2B公司。
部分员工因疏忽或故意导致了一些涉嫌欺诈的公司加入阿里巴巴平台，公司先后有近百名销售人员受到包括被开除在内的多项处理，公司CEO卫哲、COO李旭晖二人也因此“引咎”辞职。更为严厉的肃清还在淘宝的腐败问题上。7月5日，淘宝网发布了一条公告：“经杭州警方确认，原聚划算总经理阎利珉（慧空）因涉嫌‘非国家工作人员受贿罪’，已被刑事拘留，目前案件调查正在进行中。”反腐已然成为阿里巴巴执意要做的事情。据了解，阿里巴巴集团不仅于2011年成立了廉政部，任命了阿里巴巴B2B公司的安全主管，还设立了风险官一职，其重要职能是“保证平台公司的开放性、透明性和稳定性”。
马云坦言这一事件是“公司成长中的痛苦，是发展中必须付出的代价”。但是，他希望员工“具备面对现实，勇于担当和刮骨疗伤的勇气”，同时他再次强调要坚守使命，坚持理想，坚持原则，而不是以追逐利润为目标。
马云用最简单的方式处理了这起诚信风波，并换来了阿里巴巴诚信的金字招牌。若没有发生淘宝商城抗议一事的话，或许，马云的计划近乎完美。
2011年10月10日，淘宝商城升级商家管理体系，大幅提升了商城店家成本：原来每年6000元的技术服务费提高至3万元与6万元两档；建立“商家违约责任保证金”制度，收取保证金1万至15万元（多为10万和15万两档）。
新规背后一句重要的潜台词是：通过资金门槛，驱逐商城中实力较弱的中小卖家。
这导致中小卖家怨声载道，甚至有人表示：“一年21万，存银行的定期利息都比开店赚得多”。
因不满淘宝商城的提价新规，中小卖家们开始有组织、有计划地攻击淘宝商城大卖家，迫使部分大卖家运营停滞。
组织者表态：“我们不是想搞死某一家店，只是想要一个尊重生存的权利。”换言之，发起此次攻击的部分中小卖家希望通过攻击同行，争夺与淘宝谈判的筹码。
马云一如既往地强硬，声称自己不会妥协。
但这场被称作“网络暴乱”的攻击延续到10月17日时，终于以马云出面宣布“将投入18亿元进一步扶植淘宝商城中小卖家”而告终。淘宝方面表示，新规被理解为“单方面提价”是一种误读。就技术服务年费而言，这是一项可以被返还的收费，而且“绝大部分商家符合年费返还标准”，“平均每天交易额3000元左右，便可获得技术服务年费全额返还”；而违约责任保证金是冻结在商家自己的支付宝账户中，“淘宝商城无权、也从未想过挪用此资金做它用”。
此外，“对一些达不到基本服务水平和经营规模、不能达到企业化经营标准的商家，淘宝商城愿意帮助他们转到‘淘宝集市’（即以前的淘宝网）继续经营”，商家历史交易、累计信用都不受影响。
阿里巴巴以“暂缓实施新政”平息了的这场抗议活动。
在一次媒体恳谈会上，马云表示，自己是一名商人，商人的目的是赚钱。但长久以来，在自己身上的道德光环终有一天会成为自己的枷锁。