5月24日晚间，上海医药发布《再次澄清公告》，“截至本公告日期，本公司未收到中国证券监督管理委员会和香港联合交易所有限公司就本公司财务或其他事宜展开任何口头或书面调查的通知。”
5月23日，因上海医药在职总裁徐国雄被指授意财务总监沈波财务造假、虚增利润的传闻，上海医药A股被三家机构联袂抛售2.1亿元砸至跌停，H股则盘中下挫30%，公司股票市值单日蒸发23亿元。
23日晚间，上海医药发布澄清公司，对财务造假传言予以否认，并强调未被证监会与联交所调查。24日，上海医药A股在盘中探底10.29元后开始企稳，最终以0.74%的跌幅收盘，据盘面观察，上海医药A股在尾盘时有大资金进驻迹象；H股方面的股票继前日盘中暴跌30%后亦有企稳迹象，截至收盘，上海医药H股收报9.1港元/股，跌幅仅为0.11%。
为求股价企稳，上海医药实际控制人上实集团也通过附属公司增持公司H股457.67万股，占上海医药已发行总股份26.89亿股(包括A股和H股，下同)的0.17%，增持平均价格约为8.93港元/股。至于后续增持计划，上海医药公告显示，公司控股股东一致行动人有计划在未来12个月内以自身名义继续增持公司股份，累计增持比例不超过公司已发行总股份的2%(含此次已增持的股份)。上海医药将按照中国内地及香港地区监管机构的规定履行报备程序。
市场分析人士认为，上海医药的二度澄清公告并无新增内容，其公告意图不排除是出于股东方刚刚增持，以求护盘避免“进场即被套”。
不过，据记者掌握的确切信息，上海医药的两次澄清公告均有玩文字游戏的嫌疑。截至目前，证监会和香港联交所的确没有对公司进行正式调查，但却先后就举报内容进行电话和书面的问询，尽管上海医药称没有被“调查”不算错，但却故意回避了上述事实，对主管部门的问询只字不提。
港交所发言人陈涓涓对本网记者表示，根据香港证券及期货条例，对交易所的监管有保密责任，不会评论个别上市公司行为。她表示，港交所每天都会针对上市公司行为和公告，由负责公司的专案主任发出书面询问。询问内容皆根据证券条例做出，此类询问并不构成调查，而调查会由证监会，而非港交所做出，港交所提供信息披露平台，并不执法。她同时强调，港交所对所有上市公司公告采取的是“发出后再审阅”的程序，即公司发布公告前港交所不会审批，但若公告涉及不实内容，不仅违反了证券条例，“如情节严重，可视为违法，要负上刑责的。”
据记者掌握的书面材料显示，香港联交所分别于4月27日和5月10日，两次就举报内容的疑点要求公司做出解释，并向公司发送了书面传真。4月27日，港交所发函要求上海医药披露与新亚所收购的新先锋知识产权相关的营业收入和利润的数据，并询问收购安排是否构成对招股书有关新先锋承诺事项的改变；5月10日，港交所发函询问举报信中关于上药收购常州康丽有关质疑是否属实，主要针对常州康丽是否仅是一家外包制造企业、其是否拥有产品的知识产权等。
上述两点恰恰是上海医药被指称财务造假的核心内容。2011年9月，上海医药斥资15亿元完成新亚药业的收购，今年3月，上海医药再度出资2300万元收购新先锋商标、专利等无形资产。2011年下半年其，由于国家实施严厉的抗生素限用政策，造成抗生素全行业滑坡。对比哈药股份、华北制药、东北制药、鲁抗医药2011年三季报和年报的数据，均可发现，上述公司的利润在第四季度出现大幅下降甚至亏损，其实便是抗生素市场政策因素所致。上海医药新收购的新亚药业却一枝独秀，实现全年盈利1亿元的骄人业绩，尤其是在第四季度实现利润5000万元。
据上药系统内部深喉举报，新亚药业于2011年度通过三项费用(管理费用、财务费用、营销费用)分摊、收取技术服务费和销售代理费用等多种手段向新先锋转移成本费用、确认营业收入，两项合计净增新亚药业税前利润近6000万元，但上述交易中部分费用并未实际发生。内部深喉提供的一份《利润转移明细表》显示，新先锋2011年向新亚药业共转移利润5872.25万元(税前)，扣除15%的所得税后，影响利润计4991.42万元。
另据上药集团对上海医药的《承诺函》显示：据上药集团抗生素业务重组安排，上药集团将持有的新亚药业合计96.9%股权和上新华康100%股权转让给上海医药。上药集团对上海医药承诺：若转让出去的新亚医药业未来三年所产生的净利润达不到1.0533亿元、1.0817亿元、1.0951亿元，上药集团将向上海医药以现金方式补偿相应差额，三年累计补偿金额不超过人民币1.2亿元。也就是说，有了《承诺函》的存在，新亚药业在理论并无“虚增利润”的动力。不过，举报人士却透露称：“奥秘在于上海医药在2011年确立的超额利润分成机制，以年初确定的考核利润基数为基础，超过部分管理层可按照一定百分比分成，这就是徐国雄、沈波等虚增利润的动因。”
举报人还指称，上海医药今年3月公布的出资2315万元收购新先锋持有的专利、商标、专有技术等无形资产。该项交易完成后，新先锋将不再从事药品生产经营，其名下所有药品批文、在研品种和生产许可证均转入新亚药业。同时，新亚药业还将收购新先锋存货，租赁其土地、厂房、设备用于生产。“这项交易实际上是将新先锋的主营业务全部转让给新亚，但上海医药仅仅按照普通资产收购交易披露，并未披露新先锋的业务资料、产品信息及财务数据。”内部深喉称，由于受到国家限抗政策的影响，新先锋2011年亏损超过1个亿，但“在行业限制政策日益严峻的形势下，上海医药这种不提供基本业务资料的披露方式，让投资者难以判断这项交易对上海医药未来前景的影响，另一方面也为操纵利润提供了便利条件。”
上海医药H股上市时曾承诺，将于上市首年实现净利21亿元，不过，上海医药最终交出的答卷是20.4亿元。公司解释称，这是由于有1亿元的外汇损失所致，这一说辞被港交所暂时“让过”。不过，若是上海医药虚增利润属实的话，扣除“虚增”部分的近5000万元，则上海医药于当年仅实现19.9亿元的净利，即使将1亿元的外汇损失考虑在内，亦未达21亿元的净利水平。
上药系统内部高管向记者坦承，“之所以将举报材料在送达证监会和香港联交所后，又抄送各大财经媒体，并主动约见媒体记者，就是希望通过媒体将信息发布出去，逼宫主管部门介入调查。因为上海医药在2010年的三合一重组案例被证监会视为成功典范，在上海本地又是龙头企业，若无外界舆论的关注，举报材料极有可能被主管部门出于中国特色的情面逻辑，而‘大事化小、小事化了’，最终不了了之。”