5月23日晚，上海医药集团股份有限公司(下称上海医药)发布澄清公告称，截止目前未收到中国证监会或香港联交所就财务造假或其他事宜展开任何调查的通知，否认了此前《21 世纪经济报道》等媒体报道中的所有指控。
　　《21 世纪经济报道》指称，第一，上海医药对常州康丽制药有限公司(“康丽制药”)的收购，以及2012年第一季度将康丽制药的财务报表合并入的财务报表存在财务造假；第二，2011年收购上海新亚药业有限公司(简称：上海新亚)存在财务造假；第三，操纵其收购上海新先锋药业有限公司(简称：上海新先锋)无形资产的对价；以及中国证监会和香港联交所就上述指控已经对上海医药展开了调查。
　　对于第一点，上药医药澄清说，公司已完成对康丽制药70%股权的收购，并已依法就该收购完成工商登记。康丽制药拥有其相关无形资产的完整知识产权。由于本公司已在 2012 年初获得对康丽制药的实际控制权，因此 2012 年第一季度将康丽制药的财务报表合并入本公司的财务报表，符合适用会计准则的相关规定。
　　针对第二点，上海医药称，公司的外部审计师，包括国际审计师罗兵咸永道会计师事务所，境内内审计师普华永道中天会计师事务所，均对本公司 2011 年度的财务报告出具了标准无保留的审计报告。而普华永道中天会计师事务所，作为上海新亚的外部审计师，也对上海新亚 2011 年度的财务报告出具了标准无保留的审计报告。审计报告显示，上海新亚及本公司的收益和利润是完全遵照适用会计准则依法记录的。
　　有关第三点，上海医药称，对于上海新先锋无形资产的收购已于2012年4月27日的公告中作了正式披露。如公告所披露，该等收购的对价是基于独立第三方评估机构出具的资产评估报告中的评估价值，并履行了国有资产评估备案的相关程序；该收购完全符合中国境内及香港关于关连交易的监管规定，公平合理。
　　虽然上海医药矢口否所有的媒体指摘，但是作为一个老牌的上海国有企业，上海医药的内部控制是顽疾。就在2011年11月8日，原上海医药总裁吴建文因犯受贿、贪污、挪用公款，总额5100万元，被判处死刑缓期二年执行。
　　吴建文毕业于复旦大学，曾先后担任新亚药业总经理、董事长，新先锋药业总经理，上药集团抗生素事业部总裁，和上药集团总裁兼新先锋药业董事长。吴建文一案是近年来上海检察机关在医药领域查办的重特大职务犯罪案件，暴露出了严重的国有企业内部监管的缺失。
　　上海医药原本寄托于通过重组上市，通过市场化的历练，实现公司治理的提升。2009年10月15日，上海医药通过吸收合并、发行股份购买资产的方式打造“上海医药”，涉及香港、上海共四家上市公司、国有医药资产超过200亿元。
　　就在重组上市之前，当时上实医药副总裁兼董事会秘书汤德平接受《财经》记者采访时说：“重组以后是新的形态和起点，也带来了质的变化，但是必须结合将来在管理上和公司治理上的提升，这样才能体现重组的意义。”
　　而上海医药分管兼并收购业务的前副总裁葛剑秋 “因遭受内部举报”，于2011年12月1日辞职并离开上药。葛剑秋从2011年7月开始在其个人微博上，抨击国有企业体制问题。5月23日下午，葛剑秋在电话中告诉《财经》记者：“我当时从瑞银到上药，不是仅仅为了做上市的事情，而是看到了国有企业的资源优势，想利用各种力量逼迫上药走上市场化改革的道路，但是后来发现这个体制真的是没有办法改变，所以只好放弃。”
　　5月23日，因媒体报道的不良影响，截止收盘，上海医药H股下挫24.34%，A股下跌9.97%。按照a股总股本19.23亿股计算，上海医药单日市值蒸发近22.88亿元。
　　《财经》记者从多家基金公司获悉，5月24日基金方面应该还会继续卖出。“虽然上海医药否认了媒体的指责，但是在无法判断的情况下，基金应该还是会避险。”
　　而摩根士丹利在发给客户的分析中表示，对于上海医药的业绩预期是2012年每股收益0.683元，低于市场一致预期的0.717元。根据5月23日9.11港元的收盘价计算，对应的市盈率是10.9倍。