三峡水库蓄水后，长江干流水质基本保持稳定，但库区次级河流水质却逐渐变差，量大面广且难以治理的农村面源污染是其中最大的原因，农村面源污染成为库区生态重建新课题。据重庆市环保部门测算，目前库区次级河流主要污染物有近60%来自于化肥、农药、人畜粪便和农村生活垃圾，治理农村面源污染已经迫在眉睫。
化肥、农药为主要污染源
“三峡工程蓄水后，库区水位抬高，水流减缓，自净能力降低，库区回水区和次级河流水质变差，出现了富营养化的问题。总磷、总氮超标且有加重的趋势。涪陵境内的长江支流珍溪河、渠溪河目前都只能维持三类水质标准。”重庆涪陵区环保局副局长金吉中告诉记者。
据重庆环境科学研究院对重庆库区移民安置区50条主要河流122个监测断面监测，有13.9%的监测断面不能满足水域功能要求，有机污染物严重超标，主要超标项目是粪大肠杆菌群，其次是总磷、总氮和化学需氧量超标。
重庆市环保局自然生态保护处相关负责人说，目前农业生产使用的化肥、农药是破坏库区次级河流水质的主要原因。据不完全统计，三峡库区次级河流中有机物、总磷、总氮等污染物有52%—59%来自农村面源污染。
睦和村是重庆涪陵区唯一的无粮村。该村1687亩土地全部被用来种植枇杷、荔枝、龙眼等果树。村支部书记刘家奇说“村里一亩果树每年施用的化肥加起来在140公斤左右，全村化肥施用量就有240吨，这其中20%左右会因水土流失而被冲走，村里果园全部是沿龙王沟(长江的一条支流)分布，每年流到河里的化肥量确实可观。”
过量使用化肥造成的污染也十分惊人：化肥施于土壤中，只有小部分被农作物吸收，大部分则在雨水的作用下或渗透到地下污染地下水，或随地表径流进入河流、池塘，直接造成水域富营养化。地处三峡库区腹地的万州区瀼渡镇高村村支书刘禄发告诉记者，水稻要维持1200斤的亩产，每年一般要投入100斤碳胺、100多斤磷肥、20多斤尿素，一年的化肥施用量就在100公斤左右。“农民使用化肥、农药是想最大限度地提高亩产，并没把环保的问题考虑进去，更不会去想化肥和农药会污染河流破坏水质。目前流经高村村的瀼渡河水质是劣五类，其中很大原因就是因为化肥农药和河中网箱养鱼的污染。”刘禄发说。
河流污染源多样化
除了农药和化肥会造成严重污染外，农村人畜粪便、生活垃圾也是造成库区次级河流污染的重要原因。
“一个养殖场就是一个污染源。”记者在库区农村采访时对这句话感受深刻。瀼渡镇高村村农民牟其祥5年前在村里搞了一个150平方米的养猪场，每年出栏生猪300头左右。因为没有专门的清洁设施，猪场粪便没法处理，只能让其到处乱流。
“牟其祥猪场的猪粪到处乱流，使周围稻田严重富营养化，肥力过剩，只长苗不结穗。去年一年就使猪场周边4户人家的3亩水田全部绝收。”重庆农业专家李树祥说，一般而言，一亩土地只能承载一两头猪的粪便，养一头猪产生的污水相当于近10个人生活产生的废水。一旦养分超标就容易造成面源污染“这些营养过于充足的土地一旦遇到水土流失，养分就会随之流入河中，导致河流出现富营养化的问题，造成二次污染。”
同时，农村生活污水和垃圾也是一个很大的污染源。万州区农业环境保护监测站的监测数据表明，万州农村生活污水和垃圾处理率只有10%左右，只有城郊的部分农户垃圾进行了一定程度的处理，多数农户的生活污水和垃圾还是任意排放或随意抛弃在河沟或房前屋后，未作任何处理，遇降雨随雨水直接冲入江河最后进入三峡水库。
借鉴生态家园工程综合应对面源污染
全国各地都存在着农村面源污染的问题，三峡库区次级河流受到的影响为何特别明显？重庆环保专家告诉记者，这主要是因为库区蓄水之后，河流流速明显减缓，长江干流因为水体容积较大，自净能力较强，污染还不甚明显，库区次级河流因为流量较小、自净能力差，且回水区集中，导致水质逐渐变差，污染不断加重。
记者了解到，目前要治理农村面源污染难度很大，因为这种污染不同于工业、城市点源污染，它具有污染面广、隐蔽性强、控制难度大、表现不突出的特点，在治理方式上，应该发挥广大农民防治污染的主力军作用，增强农民的农业环保意识。
重庆市农委副主任高兴明说，治理农村面源污染减少次级河流污染较为有效的方式就是发展沼气，通过沼液、沼肥替代部分农药化肥的使用、同时使人畜粪便得以集中处理。目前这一思路在“三峡移民生态家园富民工程”上得到了很好的印证：
重庆在2008年7月开始利用国家烟草专卖局对口援助资金，帮助主要分布在三峡库区长江干流及主要支流第一道分水岭内的22个区县84122户农村搬迁移民建设生态沼气池，建设户用沼气池和改厕、改厨、改圈为主要内容的“一池三改”生态工程。
据移民部门的测算，该工程建设的一口8立方米沼气池年均产气358立方米，运行成本160元，可解决一户农户80%的生活用能，可产沼液20吨、沼渣4.5吨，使用经过发酵、达到粪便无害化国家标准的沼肥，可以减少20%的农药和化肥施用量。
同时根据测算，一口8立方米的沼气池每年还可节约薪柴1.5吨，相当于3亩薪柴林的年生长量“生态家园富民工程”完成后可保护林地资源25万亩，有效减轻或控制移民安置区人为活动对生态环境的破坏，加快退耕还林、还草及封山育林的步伐，可涵养水源、调节气候、防止水土流失，确保三峡水库资源环境安全和水质安全。
但是，生态家园富民工程发展的沼气池建设只是解决了库区部分农村面源污染问题，农用化肥、农药、生活污水、垃圾的污染还是无法得到根本治理。基层干部群众呼吁，政府还应该大力推广测土配方施肥技术，改变农业生产习惯，防止盲目施肥、过度施肥和偏施氮肥的现象，同时推广一些农村清洁示范工程，实施清洁家园、清洁田园和清洁水源项目，采取工程性的措施有效控制农村面源污染，并防止污染物流入河流。