与新股发行中买方博弈弱势相关的，是券商的独立性问题——这在成熟市场本来并不是一个问题。针对券商与发行人、询价机构的利益关联，有关方面已经明确表示要“斩断利益链条”。
    券商作为中介，一头联系发行人即卖方，另一头联系投资者即买方，两个方面都是它的客户。在成熟市场，券商的投行部门对接发行人，股票销售交易部和研究部门对接投资者，中间还会有一个资本市场部居中协调发行和簿记定价工作。
    在“新股估值定价研讨会”上，瑞银证券董事总经理李克非介绍说，境外市场券商的投行部门与资本市场部、股票销售交易部门之间有严格的防火墙设置，以此保持券商的独立性。在这一制度安排下，券商研究部的分析师对于引导投资者判断公司的价值和确定定价范围起到非常重要的作用。
    在国内，券商也有类似于海外市场的部门设置，但是据中信证券投行部执行总经理孙毅介绍，国内券商的资本市场部门普遍偏弱，而负责撰写投资价值报告的研究部门也经常无法做到对行业的完全覆盖。
    国内券商第一梯队的员工规模在百人以上，第二梯队也有50~80人，第三梯队则只有30人以下。但是这三个梯队都有众多券商参与IPO保荐承销业务。孙毅透露，在研究力量严重偏弱、资本市场部虚设的情况下，往往会出现投资银行“代劳”本来应该由研究部独立撰写的投资价值报告。
    此外，成熟市场的分析师路演和管理层路演在时间上是前后关系，从路演开始到最终形成发行价格的时间长达15到20个工作日。而A股的分析师路演却与管理层路演相重合，确定发行价格只需要3~5个工作日，这也使得券商独立分析和推介的作用大打折扣。
    以上分析的还只是技术问题。更严重的制度缺陷在于券商与发行人利益的捆绑关系。燕京华侨大学校长华生(微博)和华夏基金副总经理王亚伟等人士严厉抨击了“券商保荐+直投”的模式，称这种利益关联明显妨碍了市场主体归位尽责。
    深交所综合研究所的一项研究也曾发现一些券商受利益驱动“打招呼”的迹象。去年有6只股票在发行期间询价对象参与并不积极，已经非常接近终止发行，但在最后10分钟，一些申购量小的询价对象加入，使IPO得以继续认购。
    深交所理事长陈东征明确表示，新股发行中的各种利益关联关系一定会影响到定价的公平性。“建立公平的估值定价环境，让市场各方参与者公正参与博弈，是形成合理发行价格的前提条件。怎样做到公平定价？当前首要的工作还是要切断新股发行过程中的利益链条，防止潜在利益冲突的恶劣影响。”陈东征说。