《经济参考报》记者在浙江、湖南、北京、广西等地调查发现，分税制财政体制在运行中存在这样一些问题：财力相对集中在中央，事权分散在地方，导致一些基层政府为应对各项发展目标而不堪重负；中央一些部门财权过大、专项转移支付比重过高的问题，造成中央调控偏离均衡地区差距的初衷，引起不少地方政府的不满；公共财政使用中普遍缺乏有效监督，又加剧了这些矛盾的产生。
地方干部反映财权事权不匹配
全国人大常委会预算工作委员会研究室主任冯键认为，分税制财政体制中事权划分最大问题是：财力相对集中在中央、省级，事权分散在基层，大量的具体支出责任主要落在了县市基层政府身上，而基层政府可支配财力又很少，形成责任在基层、财权在上级的不合理局面。
“财权和事权最不匹配的地方就是教育。”湖南省衡阳市祁东县县长雷高飞说，全县397所学校，必须拆除重建的D级危房近9万平米，加上学校其他设施建设，匡算一下至少投入要达到2.4个亿。“中央、省给我的学校房屋维护费、城市基础设施配套费等，加起来总共收入不到2000万元。两千万要干2个多亿的事情，客观上很难全部完成。”
一些沿海经济发达县市财政支出同样不堪重负。浙江省乐清市2009年财政收入59亿元，在过去的五年，该市可用财力年均增长14.8%，但地方财力年年入不敷出，且人均财政支出2215元，还不到浙江省平均数的一半。
为什么财政蛋糕越做越大，自己却越吃越少、越来越“穷”？乐清市委书记潘孝政说，乐清外来人口有70万。去年乐清地方可用财力用于教育支出的占到一半，近14亿元，外来民工子女教育支出占到其中的25%。
“中央对欠发达地区关注是对的。但财权事权要统一，中央应该把这笔义务教育转移支付我们这里来，而事实是，我们上交了财政收入，中央教育转移支付款给了中西部人口输出地，孩子们上学却到了东部，我该交的交了，还要追加责任，造成了实际上的‘重复转移支付’。”
冯键说，按照国务院关于实行分税制财政管理体制的决定，中央财政除了保障本级支出外，主要承担均衡各地区财力的责任，而不应具体安排大量属于地方责任的项目。但在实际执行中，大量地方性的支出项目由中央决策、地方执行，“中央点菜、地方买单；中央出钱、地方配套”加剧了地方财政收支矛盾。
“有限的财力用到国家项目‘配套资金’上了。”地处西部的柳州市柳城县县长牛继昌介绍说，前年柳城争取了1.3亿元的水利项目，却要承诺3000万元配套资金，逼得这个财力捉襟见肘的农业县县长“一天到晚琢磨着如何拆东墙补西墙”。
“部门割据”影响中央调控效果
湖南省省长助理、财政厅长李友志认为，如果说1994年前分税制改革目标主要解决地方“割据”的问题，那么当前要完善分税制主要是解决“部门割据”的问题，“由于中央专项转移支付过多、中央管钱的部门过多，导致资金使用分散，效率低下，‘跑部钱进’，还滋生腐败。”
全国人大提供的一份报告显示，2009年中央专项转移支付数额达到12359亿元，占全国转移支付的52%。大量专项转移支付由中央有关部门安排下达具体项目。
“国家财政去年给了湖南1000多个亿，大部分是专项，省级以下只有配套的权力。现在上面批资金，建文化站也管，建派出所也管，建法庭也管，还要查这些资金的去向。”李友志说。
湖南祁东县归阳镇党委书记周才平在接受记者采访时大倒苦水。该镇党委政府办公楼是上世纪六十年代早期的，但镇“七站八所”在中央一些部委自上而下的督促下，纷纷大兴土木。“文化站办公楼在建，司法所办公楼建好了，计生楼要新建，有的所就一两个人，非要造一栋楼，上面还要求有红外线水龙头，手一伸就出水，一千多元一个，光这笔就花了几千元钱。上面只给了8万元，乡镇‘配套’的钱要花几十万元，乡镇哪来这么多钱？”
广西壮族自治区财政厅预算处处长王代玉说，专项越多、配套越高，范围越窄，中央部委对下面情况不了解，专项转移支付现在什么都有，有的同一个项目，几个部门一起给钱，很混乱；有的像边防哨所建设这样的燃眉之急项目，却要不来钱。
一些基层政府部门为争取专项转移支付资金，层层向上级汇报，甚至直接进京反映情况，成本很高。一些项目审批和资金分配不够透明，很容易滋生腐败。中央党校经济学部宏观经济室主任梁鹏说，现在清理各地驻京办很难，因为大量财权都集中在中央部门，各地必须来跑才能争取资金。
浙江省财政厅总预算局副局长倪学军说，当前分税制要完善，就要控制这些“分钱的部门的权力”。李友志提出，应该“加大两个力度，减少两个环节”——加大一般性转移支付力度和地方政府的财政自主权力度；减少部门环节，减少审批环节。
财政监督缺失为科学发展埋下隐患
记者在调查中还发现，各地政府在财政资金使用上，普遍存在财政监督缺失、财政预算不严肃的问题，很多是地方领导拍板说了算，根据领导意思调预算。
广西柳州市委组织部常务副部长张正义当过多年县区一把手，他深有感触地说，财政预算缺乏监督，说白了还是“一把手说了算”的现象。整个大的盘子，是在人代会上确定的，但政府权力太大，地方人大很难监督，连人大自己的经费划拨都要看政府“脸色”，每年预算的一套报告数字，行的又是另外一套。
广西壮族自治区金融办主任赵德明认为，“如果没有严格的财政监督，走科学发展道路基本上是空对空的。”
关于财政监督和财政公开，基层县市一级党政领导普遍认为，公开目前只能在大预算、大项目、大笔支出方面让老百姓明白，他们的税收用到哪里去了，政府有没有乱花钱，但是，现阶段公开不可能做得很细。
中央党校经济学部宏观经济室主任梁鹏说，财政民主化是一种必然的选择。近几年逐渐放开了，但各级领导从心态上没做好准备。近些年一些地方尝试推进财政公开，但财政部门感觉给自己添了很多麻烦，公布的越多，大家的质疑越多，压力非常大。
湖南省省长助理、财政厅长李友志认为，如果行政或政治体制不改革，财政改革就难以深化。比如，行政审批权太大，部门就不会放权，资金就会“专项化”；还有涉及到官员腐败、群众呼声高的“三公”能不能公开？也必须有系统化的考虑。
记者调查发现，基层在财政公开监督方面也出现了一些有益的探索和创新。浙江省温岭市在乡镇一级推行“参与式预算”，就是镇政府初步确定财政预算后，由人大代表来提意见，要通过人大代表参与的“民主恳谈会”后才能排出最后方案，人大代表还可以五人以上联名提出“预算修正议案”，以此纠正政府编制预算的失误。温岭市一位领导说，实施参与式预算，使预算审查由形式上的审查转变为实质性审查，乡镇人大代表的职权由“虚”转“实”，预算就由“软”变“硬”。