以长江航运为代表的内河航运，是我国综合运输体系的重要组成部分，在国民经济发展中具有重要作用。但目前长江航运发展受多重因素制约，其综合效益未得到充分显现，进而影响到长江经济带的整体持续发展，应当引起国家有关方面的高度重视。
1.建设投入严重不足。内河航运作为节能、环保、传统的运载方式，在进入高速便捷的时代后，其重视程度受到严重削弱。据统计，自“九五”以来的15年间，全国内河航运完成投资不足1000亿元，而同期公路完成投资50000多亿元，铁路完成投资20000多亿元。2009年，国家对整个长江干线的投资8.13亿元，仅相当于修建一条10公里的高速公路的投资量。投入不足直接导致了长江内河航运的基础设施建设严重滞后。目前，下游航道不能满足进江海轮大型化的要求，中游航道枯水季节滞航、碍航现象突出，大量的船舶都要减载通过，上游三级航道的延伸任务尚未完成，原设计万吨级船队常年到达重庆港仅是一个设想。同时，各地港口建设欠帐多，规模小、功能单一，大多数港口仅限于传统的装卸和集疏运中转业务，不适应发展现代港口物流的需要。特别是三峡库区在原有港口码头被淹没，按照“原规模、原标准、原功能”的原则进行搬迁后，其附属设施建设严重滞后，港口运行十分困难。
2.管理体制障碍突出。内河航运管理一直沿袭着计划经济时期的管理架构，其多头管理带来的体制性障碍，已经成为影响航运发展的重要因素。就目前长江航运的管理层次看，交通运输部门设有长江航务管理局、长江海事局、长江航运公安局、长江航道局、三峡通航局、中国船级社、各省市港航局、地方海事局、船舶检验局等；公安部门设有水上公安分局、水警总队、水上派出所等。其中相当一部分管理职能交叉重复，多头管理又带来部分管理“真空”。据调查中航运企业反映，工作中时常面临重复检查、重复收取管理费用，而有困难又不知找哪个部门反映解决。如一些部门得用管理职权，强行要求各船舶安装本系统的GPS，造成一艘船要安装2台GPS的现象，既浪费资源，又加重了船主负担。
3.三峡工程船闸通行能力不足。按照三峡工程建设的设计要求，三峡船闸的单向通行能力是5152万吨，而实际上，2009年共运行闸次8082个，通过船舶5.2万艘次，旅客近80万人，货物6089万吨，设计预期与实际通行能力存在较大差距。且按照原设计，客船通过船闸使用升船机，但至今尚未建成，以致造成客货争过船闸的拥阻现象，货船排队候闸时间往往需要十几小时才能通行。这一问题随着经济社会发展将更加突出，预计2015年三峡大坝过坝货运量将达到1.3亿吨，2020年达到1.85亿吨，由此可见三峡大坝的过闸问题已成为长江航运发展的“瓶颈”，制约。
4.航运企业运行发展艰难。这一问题在三峡库区尤为突出。一方面，原有国有和集体航运企业经历移民搬迁后，因迁建投入与补偿差口较大而被迫关破。另一方面，由于大江截流和船闸建设造成的长江航道多次停航、断航、翻坝等原因，致使现有企业长期处于半停产状态，经营难以为继。加之近年来有关方面大力推行船舶标准化改造、GPS安装、污水处理设备安装等，需要较大的资金投入，而金融机构对航运行业的资金投放偏紧，中小航运企业融资十分困难，后续发展举步维艰。
1.从推行低碳节能出发，着力加大对长江内河航运的投入力度。建议国家发改委、交通运输部应根据我国经济社会发展的需要，及时调整对内河航运发展的政策，突出内河航运发展在“十二五”规划中的重要地位，切实加大重视和扶持力度。应加快长江航道地整治步伐，尽快解决中游航道“梗阻”问题，确保航道畅通。尽可能地在三峡库区布局重大航运交通基础设施，积极帮助库区引进一定规模的航运企业，促进库区乃至整个长江航运的快速发展。
2.加快推进长江航运体制改革，从完善体制上保障长江航运健康发展。国家交通部门、公安部门应统筹长江航运管理，分别将长江海事和地方海事，中国船级社和地方船检机构，长航公安局和地方水上公安局合并，减少管理机构，解决多头管理问题。
3.多方面解决三峡船闸通过能力不足问题，缓解船闸瓶颈。国务院三峡建设委员会办公室应督促有关方面尽快开放三峡专用公路，对滚装船实行长期翻坝运输。应提早规划修建秭归至宜昌连接汉宜高速的高等级公路，扩大客货翻坝运输。加快升船机建设步伐，大力推进船舶标准化改造，提高船闸利用率。
4.进一步强航运管理部门的服务意识，为内河航运发展保驾护航。采取自上而下的强化教育，牢固树立起管理部门为发展服务的意识，尽量减少不必要的检查、培训、审核次数。对于为了安全必须进行的检查、培训、审核，应降低收费标准或免费进行，切实减轻企业负担。