一是含油率高。藻类油脂含量大大高于传统的油料作物。大豆、棕榈等油料作物的含油量不足其全部生物量的5%，而藻类含油率最高可达其干重的80%以上，一般也可达到20%-50%。
　　二是生长速度快。藻类的生长和繁殖速度显著高于传统的油料作物。藻类在正常生长时生物量每24小时即可翻倍，在指数生长期，倍增时间甚至可以缩短至3.5小时。
　　三是环境适应性强。藻类对环境的适应能力远远优于其他油料作物，对生长环境的要求极低，包括终年被冰雪覆盖的南北两极，酸碱度极高或极低的湖泊水潭、盐碱沼泽甚至盐度饱和卤水，大洋深处、高山顶及火山口、地热温泉、干旱沙漠等对生命过程极为不利的极端环境中，都有藻类繁衍生息。
　　四是占用耕地少。藻类是海洋生态系统的基石，占海洋生物的50%，因而开发藻类生物燃料可利用广阔的海洋，其养殖甚至可不占用陆地资源。而现有的油料作物大多为陆生植物，其种植不但会占用大量耕地或林地，甚至会形成与人争粮的局面，其供给不具备可持续性。
　　五是环境友好。藻类生物燃料不会增加温室气体的排放，又不会对水资源构成威胁。在藻类种植过程中，每增加1吨藻类生物质能，需排放相当于2吨化石能源释放的温室气体，但藻类在生长时也需要基本等量的二氧化碳，因而其二氧化碳的净排放量近似于零。
　　六是副产品附加值高。藻类好比是日光驱动的细胞工厂，它能将二氧化碳转化为生物燃料、食品、饲料和高价值的生物活性物，而且这些光合微生物还可用于生物除污以及作为固氮生物肥料。大部分藻类在产油的同时，会生产EPA、DHA、虾青素、胡萝卜素、藻蓝蛋白、饲料蛋白等高附加值产品，这些高附加值产品的综合利用可以大大加快藻类生物能源的产业化进程。