对于住房公积金支持保障性住房建设试点，业界也存在争议。一些专家和业内人士认为，虽然国家有关部门在住房公积金支持保障房建设的试点运行中管理非常严格，但在实际操作中仍然有一些诸如自有资金不足、资金被挪用、建设工程滞销、房屋租不出等不确定因素引发的风险，亟须建立健全相关监管机构，形成一整套风险防控机制，增加项目贷款透明度。
　　记者在采访中了解到，对于住房公积金支持保障住房建设的争议，主要表现在以下几个方面：首先是住房公积金作为老百姓的“私房钱”，地方政府有没有权力动用，在法理上有漏洞。依据2002年重新修订后的《住房公积金管理条例》，住房公积金只能用作廉租房建设补充资金。该条例受到它的上位法《住房保障法》的约束，一直也没能进行修改。当前所进行的住房公积金支持保障住房建设的试点，实际上是绕过《住房公积金管理条例》来实施城市试点。在相关法规还有欠缺，规章制度、监督权利归属没有理顺的情况下，如果将审批和监管权下放，一旦出了问题，最终蒙受损失的是缴纳住房公积金的老百姓。
　　其次，住房公积金支持保障住房建设后，一旦形成呆坏账怎么办？虽然国家有关部门在住房公积金支持保障房建设的试点运行中管理非常严格，但一旦放开在全国推行，巨额住房公积金贷款审批和监管权下放到地方，住房公积金的使用安全问题便显得尤为重要。如果在保障房建设中，资金监管不到位，出现了呆账、坏账，很有可能导致地方政府负债，损害住房公积金缴纳人的合法权益。
　　此外，监管机构缺位，没有建立代表住房公积金缴纳人的机构，作为第三方监管机构参与到住房公积金运行当中。住房公积金不是银行的钱，也不是国家的钱，用来贷款给保障性住房建设，此前也没有相应的金融管理条例，银监会也不能负责；住房公积金管理中心只是社会公众委托专门看管社会资产的机构，在住房公积金贷款的审批、监管环节，不具备相应的权利，相应的监管机构还是个空缺。　
　　一些专家和业内人士建议，在实施住房公积金支持保障房建设试点过程中，要强化资金和项目贷款的风险防范，确保住房公积金的资金安全。一是自有资金不足的风险，在决定发放项目贷款之前，必须依据试点方案规定，使用科学的方法，对开发企业的自有资金进行严格审查。二是资金被挪用的风险。由于开发企业往往同时开发几个项目，或者一个集团公司下属多个公司，所以借款人容易出现不按合同约定使用资金挪作他用的问题。因此需要贷款合同约束和贷后加强监管等手段加以防范。
　　三是在建工程滞销或租不出的风险。保障性住房的销售收入或租金收入是偿还贷款本金和利息的重要来源，一旦在建项目滞销势必将影响还贷。在项目贷款发放审查时，除应全面、科学考察开发企业的资质和实力外，还要综合考察建设项目环境和加强工程质量监管，以免滞销问题的发生。
　　此外，开发企业销售收入不及时还款的风险。开发企业所依赖的现金流便是项目本身的销售收入或租金收益。为了确保及时还贷，对其销售收入或租金收益应实行封闭式监管。即由开发企业按项目在承办贷款银行设立专用资金监管账户，用于存放项目贷款资金和销售收入。在建期间按工程进度，经住房公积金管理中心和承办银行同意后，分批支取资金，并且只能用于项目建设。项目预售或直接销售后，每套住房均应与贷款银行办理抵押注销手续，其销售收入全部存入专门账户，用于偿还贷款本息，不得转移或用于其他支出。偿还贷款本息后，资金可作为利润留存。
　　重庆朵力房地产公司董事长黎伟表示，保障性住房是一项“民生工程”，“地根”和“银根”对住房建设起决定作用。以重庆正在大规模建设的公租房为例，公租房的用地由政府以采取划拨方式解决，实际上是将土地收益让利于民。住房公积金贷款在一定程度上解决了公租房建设中的“银根”问题，真正“取之于民，用之于民”。黎伟认为，在住房公积金的贷款使用上要增加透明度，具体投向哪些项目，每个项目的投资额度、项目进展程度等要定期通过媒体等方式向社会公布，这一方面是对缴纳住房公积金的群众有个交代，同时有利于引导社会公众参与，加强社会监督，保障资金安全。